Requirements

1. Linux machine with root privilege เพื่อ build container

2. ติดตั้ง Singularity software ใน linux machine เสร็จสิ้น https://thaisc.atlassian.net/l/c/13FtNZ8d

3. recipe ของ environment ที่ท่านใช้ เช่น

   1. requirement.txt

   2. docker image ที่มีส่วนผสมที่ถูกต้องกับงานของท่าน

   3. Singularity image

Instructions การสร้าง Singularity Container

step-by-step อย่างง่าย

1. ให้ singularity เรียก pull docker image หรือ singularity image ที่ต้องการจาก registry จะได้ไฟล์ .sif

   1. ตัวอย่างคำสั่ง $ singularity pull docker://nvcr.io/nvidia/tensorflow:21.04-tf2-py3

2. สร้าง sandbox จากไฟล์ .sif หรือก็คือสร้างโฟลเดอร์ของ container ขึ้นมาเพื่อเข้าไปติดตั้งเพิ่มเติมได้

   1. ตัวอย่างคำสั่ง $ sudo singularity build --sandbox mysandbox/ tensorflow_21.04-tf2-py3.sif

3. เข้าสู่ sandbox container แบบ writable และ bind directory ข้างนอกและข้างใน container ไว้ด้วย

   1. ตัวอย่างคำสั่ง $ sudo singularity shell -B /home/apiyatum:/root --writable mysandbox/

   2. option -B ถูกใช้เพื่อ bind directory <my machine directory>:<container directory>

4. ทำการติดตั้งซอฟแวร์หรือ library เพิ่มเติมจาก recipe environment ที่ต้องการลงใน sandbox

5. เมื่อเตรียม environment ใน sandbox เสร็จ ทำการ build sandbox ให้เป็นไฟล์ .sif อีกครั้ง

   1. ตัวอย่างคำสั่ง $ sudo singularity build newsif.sif mysandbox/

   2. สิ่งที่ได้คือ Singularity file ใหม่ที่ชื่อ newsif.sif ไปใช้งานต่อใน HPC cluster ได้

Related articles