| Table of Contents | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
(ภาษาไทย)
การใช้งานโปรแกรม Ansys
ขั้นตอนการรันโปรแกรม Ansys จะมี 2 ขั้นตอนหลัก คือ
| Table of Contents | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
1. การทำ passwordless
| Note |
|---|
ทำครั้งแรกครั้งเดียว หากไม่ทำจะไม่สามารถรันงานได้ |
การรันโปรแกรม Ansys บนระบบ TARA ครั้งแรก จะต้องทำ passwordless สำหรับการเข้าใช้งานเครื่อง computing units (ตัวอย่างเช่น compute nodes, memory nodes) บนระบบ TARA โดยสามารถทำตามขั้นตอนด้านล่าง ดังนี้
1.1 ที่เครื่อง TARA frontend node ทำการสร้าง key สำหรับ login เข้าใช้ TARA computing units โดยใช้คำสั่ง
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
$ ssh-keygen -t rsa -b 4096 -C "@tara.nstda.or.th" |
1.2 ทำตามขั้นตอนที่แสดงบนหน้าจอ โดยสามารถระบุรายละเอียดที่ต้องการหรือไม่ระบุ เพื่อใช้ค่าเริ่มต้น จากนั้น กด ENTER เพื่อไปยังขั้นตอนต่อไป
| Code Block |
|---|
Enter file in which to save the key (/home/hpcuser/.ssh/id_rsa): <ไม่ต้องระบุข้อมูล> [ENTER]
Enter passphrase (empty for no passphrase): <ไม่ต้องระบุข้อมูล> [ENTER]
Enter same passphrase again: <ไม่ต้องระบุข้อมูล> [ENTER]
Your identification has been saved in /home/hpcuser/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/hpcuser/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
SHA256:yilC3rKweLNBiupcOgavyewERZK17PntdFc1MXIPI0Y @tara.nstda.or.th
The key's randomart image is:
+---[RSA 4096]----+
|.oo .E * |
|.+ . . + * |
| + o .|
| o . . . |
|. = S . |
|+= o o o . |
|=o=.+ * . . |
|B**= + . . |
|XX+o . |
+----[SHA256]-----+ |
1.3 ตรวจสอบว่า key (id_rsa.pub) มีการสร้างหรือไม่ โดยใช้คำสั่ง
| Code Block |
|---|
$ ls -l .ssh/
total 8
-rw-------1 test test 3243 May 21 17:39 id_rsa
-rw-r--r--1 test test 743 May 21 17:39 id_rsa.pub |
2. การ submit job เข้าระบบ TARA
2.1 ทำการสร้างและเข้าไปจัดเตรียม script ไฟล์สำหรับเตรียมรันงานเข้าระบบ TARA โดยใช้คำสั่ง
| Code Block |
|---|
$ vi ansys.sh |
ระบุรายละเอียดตามตัวอย่างด้านล่าง โดยสามารถปรับเปลี่ยนได้ตามการใช้งาน (ดูรายละเอียดเพิ่มเติมได้ที่ การสั่งรัน Job ใน SLURM โดยใช้ script )
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash
#SBATCH -p compute -A pre5003 -t 5-00:00:00
#SBATCH -N 2 --ntasks-per-node=40
#SBATCH -L ansys_hpc:5
module purge
module load ANSYS
export MPI_TMPDIR="/tmp/$SLURM_JOB_USER/$SLURM_JOB_ID"
alias
HOSTSFILE=hostlist-job$SLURM_JOB_ID
if [ "$SLURM_PROCID" == "0" ]; then
srun hostname -s > $HOSTSFILE
fluent -r20.1.0 3ddp -t$SLURM_NTASKS -cnf=$HOSTSFILE -ssh -nm -gu -driver null -i journal.jou
rm -f $HOSTSFILE
fi
exit 0 |
ตัวอย่างด้านบนเป็นการรันงาน Ansys fluent ตามที่กำหนดไว้ใน journal.jou โดยใช้ compute node 2 nodes ( -p compute -N 2 ) โดยแต่ละ Node ใช้ 40 cores (--ntasks-per-node=40) ซึ่งเป็นการใช้ทรพยากรทั้งหมด 80 cores และเรียกใช้ license Ansys HPC จำนวน 5 licenses ( -L ansys_hpc:5 )
2.2 ตรวจสอบ path ของ input files ว่าเป็นไปตามที่กำหนดไว้ใน journal.jou หรือไม่
2.3 เมื่อเตรียม script (ansys.sh) สำหรับรันงานและตรวจสอบ input files เสร็จเรียบร้อย ทำการ submit job เข้าระบบ โดยใช้คำสั่ง
| Code Block |
|---|
$ sbatch ansys.sh |
...
(ENGLISH)
How to run Ansys
ขั้นตอนการรันโปรแกรม Ansys จะมี 2 ขั้นตอนหลัก คือ
| Table of Contents | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
1. Setting passwordless
To run ANSYS on TARA, you first have to set passwordless login to computing units (e.g. compute nodes, memory nodes) by following below instruction.
At TARA frontend, create Key for logging-in to TARA computing unit using
Code Block ssh-keygen -t rsa -b 4096 -C "@tara.nstda.or.th"
Specify details shown in the screen or left them blank and then press ENTER
Code Block Enter file in which to save the key (/home/best/.ssh/id_rsa): <ไม่ต้องระบุข้อมูล> [ENTER] Enter passphrase (empty for no passphrase): <ไม่ต้องระบุข้อมูล> [ENTER] Enter same passphrase again: <ไม่ต้องระบุข้อมูล> [ENTER] Your identification has been saved in /home/best/.ssh/id_rsa. Your public key has been saved in /home/best/.ssh/id_rsa.pub. The key fingerprint is: SHA256:yilC3rKweLNBiupcOgavyewERZK17PntdFc1MXIPI0Y @tara.nstda.or.th The key's randomart image is: +---[RSA 4096]----+ |.oo .E * | |.+ . . + * | | + o .| | o . . . | |. = S . | |+= o o o . | |=o=.+ * . . | |B**= + . . | |XX+o . | +----[SHA256]-----+
Check if the key (id_rsa.pub) is created using ls -l .ssh/
Code Block ls -l .ssh/ total 8 -rw------- 1 test test 3243 May 21 17:39 id_rsa -rw-r--r-- 1 test test 743 May 21 17:39 id_rsa.pub
2. Submitting job
2.1 preparing script to run the job using the following command
| Code Block |
|---|
$ vi ansys.sh |
Specify below information and change the parameters according to requirements or usage (for more details, please see Running Jobs by SLURM Script)
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash
#SBATCH -p compute -A pre5003 -t 5-00:00:00
#SBATCH -N 2 --ntasks-per-node=40
#SBATCH -L ansys_hpc:5
module purge
module load ANSYS
export MPI_TMPDIR="/tmp/$SLURM_JOB_USER/$SLURM_JOB_ID"
alias
HOSTSFILE=hostlist-job$SLURM_JOB_ID
if [ "$SLURM_PROCID" == "0" ]; then
srun hostname -s > $HOSTSFILE
fluent -r20.1.0 3ddp -t$SLURM_NTASKS -cnf=$HOSTSFILE -ssh -nm -gu -driver null -i journal.jou
rm -f $HOSTSFILE
fi
exit 0 |
...
The above example script instructs to run Ansys fluent using journal.jou with 2 compute nodes (-p compute -N 2) , 40 cores by nodes (–ntasks-per-node=40). The total computational resource is 80 CPU cores. In addition, It also call license Ansys HPC 5 licenses (-L ansys_hpc:5)
2.2 checking path of all input files if they are set according to journal.jou or Ansys documentation.
2.3 submitting job using the following command
| Code Block |
|---|
$ sbatch ansys.sh |