Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.
Note

versions 7.463 – 7.486 มีข้อผิดพลาดในการการทำงานของ FFT-NS-i (รายละเอียดเพิ่มเติมที่นี่)

...

Table of Contents
minLevel1
maxLevel7
stylecircle

ตัวอย่าง script ในการ submit job

การใช้งาน 1 node (OpenMP)

...

script ด้านบนจะเรียกใช้งานทรัพยากรจำนวน 2 nodes (-N 2) node ละ 40 cores (-c 40 --ntasks-per-node=1) รวม 80 cores ในส่วนของคำสั่งของ MAFFT จะตั้งค่าจำนวน threads (--thread) เท่ากับจำนวน cores ที่ใช้ในแต่ละ nodeคำอธิบายเพิ่มเติมเชิงเทคนิค

Expand
titleคำอธิบายเพิ่มเติมเชิงเทคนิค

การใช้งาน 2 nodes ขึ้นไป MAFFT จะทำงานในรูปแบบผสมผสานระหว่าง OMP (shared memory) และ MPI (distributed memory) โดยตัว software จะเปิดใช้จะนวน OMP thread ตามที่ระบุไว้ใน --thread และใช้งาน MPI task (or rank) จะที่กำหนดไว้ใน slurm option ไม่ว่าจำเป็นการกำหนด -n เพื่อระบุจำนวน tasks ทั้งหมด หรือการกำหนด --ntasks-per-node เพื่อระบุจำนวน task ในแต่ node (option นี้จำนวน MPI tasks รวมจะคูณด้วยจำนวน node(s) ที่เรียกใช้) จำนวนทรัพยากรที่ software ใช้งานจะเท่ากับ (จำนวน OMP threads) x (จำนวน MPI task)

การใช้งานตัวเลือก --large

การเรียกใช้ --large จะลดการใช้งาน RAM โดยโปรแกรมจะจัดเก็บข้อมูลไว้ใน temporary files แทน การใช้งานฟังก์ชันนี้จะลดปัญหาหน่วยความจำไม่เพียงพอ (out of memory) แต่ส่งผลให้การคำนวณช้าลง

การใช้งาน temporary files

โดยปกติแล้ว temporary files จะอยู่จัดเก็บใน $HOME/maffttmp/ ซึ่งผู้ใช้งานสามารถเปลี่ยนที่จำเก็บได้โดยการตั้งค่า MAFFT_TMPDIR ไปยัง path ของ location ที่ต้องการ

...

Code Block
export MAFFT_TMPDIR=/tarafs/data/project/train001-train/run_MAFFT/

...

Related articles

Filter by label (Content by label)
showLabelsfalse
max5
spacescom.atlassian.confluence.content.render.xhtml.model.resource.identifiers.SpaceResourceIdentifier@48ae393
sortmodified
showSpacefalse
reversetrue
typepage
cqllabel in ( "bio" , "alignment" ) and type = "page" and space = "UG"
labelssingularity python container
Page Properties
hiddentrue

Related issues