ORCA เป็น Open Source Software ทางด้าน Quantum Chemistry สามารถศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมได้ที่ ORCA
| Table of Contents |
|---|
| minLevel | 1 |
|---|
| maxLevel | 7 | style | none |
|---|
|
ขั้นตอนการใช้งาน ORCA version 4.2.1
1. เตรียม input
2. การเตรียม Job submission script
2.1 การใช้งานบน compute node
สำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 40 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง สำหรับ input file ชื่อ test.inp ภายใต้ project account train001 (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)
ตัวอย่าง job submission script <orca-test.sh>
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash -l
#SBATCH -p devel #specific partition
#SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=40 #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 1:00:00 #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test-orca #job name
#SBATCH -A train001 #project name
module purge #purge all module
module load foss/2019b
module load ORCA/4.2.1-gompi-2019b
export ORCA_DIR=/tarafs/utils/modules/software/ORCA/4.2.1-gompi-2019b/
export PATH=$PATH:$ORCA_DIR
######################################################
## indicat your input filename.inp below
FILENAME=test
## RUN ORCA ####
cp $SLURM_SUBMIT_DIR/${FILENAME}.inp $SLURM_TMPDIR/
cd $SLURM_TMPDIR
$ORCA_DIR/orca ${FILENAME}.inp > $SLURM_SUBMIT_DIR/${FILENAME}.out
cp *.* $SLURM_SUBMIT_DIR
|
2.2 การใช้งานบน memory node
สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้น
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash -l
#SBATCH -p memory #specific partition
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192 #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 120:00:00 #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test #job name
#SBATCH -A train001 #project account
|
3. Job submission
ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script
| Code Block |
|---|
sbatch orca-test.sh |
...
Related articles
| Filter by label (Content by label) |
|---|
| showLabels | false |
|---|
| max | 5 |
|---|
| spaces | com.atlassian.confluence.content.render.xhtml.model.resource.identifiers.SpaceResourceIdentifier@48ae393 |
|---|
| sort | modified |
|---|
| showSpace | false |
|---|
| reverse | true |
|---|
| type | page |
|---|
| cql | label in ( "orca" , "computational_chemistry" ) and type = "page" and space = "UG" |
|---|
| labels | singularity python container |
|---|
|