RAxML-NG เป็น software สำหรับการอนุมาน phylogenetic tree โดยใช้ maximum-likelihood (ML)

...

ตัวอย่าง script ในการ submit job

1. การใช้งานบน compute node(s)

...

สำหรัย RAxML-NG จำนวน thread ที่ใช้ (--thread) ควรจะเท่ากับจำนวน cpus ที่ทำการจอง (-c หรือ --cpus-per-task) ซึ่งในที่นี้คือ 20

ข้อสังเกตุ การระบุจำนวน CPUs ที่ใช้ในแต่ละtask --cpus-per-task สำหรับ RAxML-NG จะระบุเท่ากับจำนวน cores ที่มีในแต่ละ socket ซึ่งคือ 20 cores สำหรับ compute node

1.2 การใช้งาน 2 nodes ขึ้นไป

#!/bin/bash
#SBATCH -p compute                   
#SBATCH -N 3 -n 5 -c 20              
#SBATCH -t 24:00:00              
#SBATCH -J RAxML-NG              
#SBATCH -A projxxxx              
 
module purge
module load RAxML-NG/1.0.2-gompi-2019b
 
srun raxml-ng-mpi  --msa input.fasta --model GTR+G  --prefix output_prefix --thread 20

...

1.1 การใช้งาน 1 node

#!/bin/bash
#SBATCH -p memory
#SBATCH -N 1 -n 4 -c 24               
#SBATCH -t 24:00:00              
#SBATCH -J RAxML-NG              
#SBATCH -A projxxxx              
 
module purge
module load RAxML-NG/1.0.2-gompi-2019b
 
srun raxml-ng-mpi --msa input.fasta --model GTR+G --prefix output_prefix --thread 24

...

สำหรัย RAxML-NG จำนวน thread ที่ใช้ (--thread) ควรจะเท่ากับจำนวน cpus ที่ทำการจอง (-c หรือ --cpus-per-task) ซึ่งในที่นี้คือ 24

ข้อสังเกตุ การระบุจำนวน CPUs ที่ใช้ในแต่ละtask --cpus-per-task สำหรับ RAxML-NG จะระบุเท่ากับจำนวน cores ที่มีในแต่ละ socket ซึ่งคือ 24 cores สำหรับ memory node

1.2 การใช้งาน 2 nodes ขึ้นไป

#!/bin/bash
#SBATCH -p memory
#SBATCH -N 2 -n 10 -c 24               
#SBATCH -t 24:00:00              
#SBATCH -J RAxML-NG              
#SBATCH -A projxxxx              
 
module purge
module load RAxML-NG/1.0.2-gompi-2019b
 
srun raxml-ng-mpi  --msa input.fasta --model GTR+G --prefix output_prefix --thread 24

ตัวอย่างด้านบนจะเรียกใช้งานทรัพยากรจำนวน 1 node (-N 2) 10 MPI tasks (-n 10) แต่ละ task ใช้ 24 cores (-c 24) รวมใช้ 240 cores (1 node + 48 cores จึงกำหนด N เท่ากับ 2)

การใช้งาน checkpoint

RAxML-NG สามารถ run งานต่อจากที่ run ไว้ได้ โดยที่ software จะอ่าน checkpoint จาก [prefix].raxml.rba และทำงานต่อจากนั้น การ submit งานให้ run ต่อจาก checkpoint สามารถทำได้โดยการ สั่ง run ด้วยคำสั่งเดิม

ปัญหาที่อาจจะพบ

ERROR: CPU core oversubscription detected!

...

การระบุจำนวน worker (--worker) จะต้องสัมพันธ์กับจำนวน MPI ranks และจำนวน OMP threads ที่ใช้ หากกำหนดไม่เหมาะสม software จะไม่สามารถทำงานได้ หรือทำงานได้ช้า ทั้งนี้หากไม่มั่นใจสามารถให้ software กำหนดให้แบบอัตโนมัติได้

...

Related articles