| Note |
|---|
versions 7.463 – 7.486 มีข้อผิดพลาดในการการทำงานของ FFT-NS-i (รายละเอียดเพิ่มเติมที่นี่) |
...
| Table of Contents |
|---|
| minLevel | 1 |
|---|
| maxLevel | 7 |
|---|
| style | circle |
|---|
|
ตัวอย่าง script ในการ submit job
การใช้งาน 1 node (OpenMP)
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash
#SBATCH -p devel #specific partition
#SBATCH -N 1
#SBATCH -c 40 --ntasks-per-node=1 #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 2:00:00 #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -A train001 #project name
#SBATCH -J mafft #job name
##Module## module Load##load
module purge
module load MAFFT/7.487-gompi-2021a-with-extensions
### run the command
mafft --thread 40 input.fa > output.fa |
...
การใช้งานมากกว่า 1 node (ใช้งาน MPI)
| Info |
|---|
การใช้งาน MPI ในกรณที่ใช้ทรัพยากรเท่ากันจะทำงานช้ากว่ารูปแบบ OpenMP ในกรณที่ใช้ทรัพยากรเท่ากันจะทำงานช้ากว่าการใช้งาน OpenMP เพียงอย่างเดียว |
| Note |
|---|
ไม่แนะนำให้ใช้งาน MAFFT/7.481-gompi-2020b-with-extensions ในรูปแบบนี้ เนื่องจากมีรายงานข้อผิดของการทำงานร่วมกันระหว่าง UCX และ OpenMPI ใน gompi-2020b ทำให้ผลที่ได้จากใช้งาน software ผิดพลาดได้ |
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash
#SBATCH -p devel #specific partition
#SBATCH -N 2
#SBATCH -c 40 --ntasks-per-node=1 #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 2:00:00 #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -A train001 #project name
#SBATCH -J mafft-mpi #job name
##Module## module Load##Load
module purge
module load MAFFT/7.487-gompi-2021a-with-extensions
### set enviroment variable according to https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mpi.html
#exportexport MAFFT_MPIRUN="srun"
#exportexport MAFFT_N_THREADS_PER_PROCESS="40"
### run the command
mafft --mpi --thread 40 input.fa > output-mpi.fa |
script ด้านบนจะเรียกใช้งานทรัพยากรจำนวน 2 nodes (-N 2) node ละ 40 cores (-c 40 --ntasks-per-node=1) รวม 80 cores ในส่วนของคำสั่งของ MAFFT จะตั้งค่าจำนวน threads (--thread) เท่ากับจำนวน cores ที่ใช้ในแต่ละ node
คำอธิบายเพิ่มเติมเชิงเทคนิค
| Expand |
|---|
| title | คำอธิบายเพิ่มเติมเชิงเทคนิค |
|---|
|
การใช้งาน 2 nodes ขึ้นไป MAFFT จะทำงานในรูปแบบผสมผสานระหว่าง OMP (shared memory) และ MPI (distributed memory) โดยตัว software จะเปิดใช้จะนวน OMP thread ตามที่ระบุไว้ใน --thread และใช้งาน MPI task (or rank) จะที่กำหนดไว้ใน slurm option ไม่ว่าจำเป็นการกำหนด ไม่ว่าจะเป็นการกำหนด -n เพื่อระบุจำนวน tasks ทั้งหมด หรือการกำหนด --ntasks-per-node เพื่อระบุจำนวน task ในแต่ node (option นี้จำนวน MPI tasks รวมจะคูณด้วยจำนวน node(s) ที่เรียกใช้) จำนวนทรัพยากรที่ software ใช้งานจะเท่ากับ (จำนวน OMP threads) x (จำนวน MPI task) |
การใช้งานตัวเลือก --large
การเรียกใช้ --large จะลดการใช้งาน RAM โดยโปรแกรมจะจัดเก็บข้อมูลไว้ใน temporary files แทน การใช้งานฟังก์ชันนี้จะลดปัญหาหน่วยความจำไม่เพียงพอ (out of memory) แต่ส่งผลให้การคำนวณช้าลง
การใช้งาน temporary files
โดยปกติแล้ว temporary files จะอยู่จัดเก็บใน $HOME/maffttmp/ ซึ่งผู้ใช้งานสามารถเปลี่ยนที่จำเก็บได้โดยการตั้งค่า MAFFT_TMPDIR ไปยัง path ของ location ที่ต้องการ
...
| Code Block |
|---|
|
#!/bin/bash
#SBATCH -p devel #specific partition
#SBATCH -N 1
#SBATCH -c 40 --ntasks-per-node=1 #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 2:00:00 #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -A train001 #project name
#SBATCH -J mafft #job name
## ##Modulemodule Load##load
module purge
module load MAFFT/7.487-gompi-2021a-with-extensions
### set enviroment variable https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/tips.html
export MAFFT_TMPDIR=$SLURM_TMPDIR
### run the command
mafft --globalpair --large --thread 40 --threadtb 20 --threadit 40 input.fa > output.fa |
...
| Code Block |
|---|
|
#!/bin/bash
#SBATCH -p devel #specific partition
#SBATCH -N 1
#SBATCH -c 40 --ntasks-per-node=1 #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 2:00:00 #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -A train001 #project name
#SBATCH -J mafft #job name
##Module## module Load##load
module purge
module load MAFFT/7.487-gompi-2021a-with-extensions
### set enviroment variable https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/tips.html
export MAFFT_TMPDIR=/tarafs/scratch/projxxxx-abcd/
### run the command
mafft --globalpair --large --thread 40 --threadtb 20 --threadit 40 input.fa > output.fa |
...
| Code Block |
|---|
export MAFFT_TMPDIR=/tarafs/data/project/train001-train/run_MAFFT/ |
...
Related articles
| Filter by label (Content by label) |
|---|
| showLabels | false |
|---|
| max | 5 |
|---|
| spaces | com.atlassian.confluence.content.render.xhtml.model.resource.identifiers.SpaceResourceIdentifier@48ae393 |
|---|
| sort | modified |
|---|
| showSpace | false |
|---|
| reverse | true |
|---|
| type | page |
|---|
| cql | label in ( "bio" , "alignment" ) and type = "page" and space = "UG" |
|---|
| labels | singularity python container |
|---|
|