บทความนี้อธิบายการใช้งานโปรแกรม Apptainer สำหรับการดาวน์โหลดไฟล์ Container บนระบบ LANTA โดยหัวข้อต่อไปนี้ให้ข้อมูลสรุปเนื้อหาของบทความ เพื่อให้ผู้อ่านสามารถระบุส่วนที่ต้องการอ่านได้อย่างรวดเร็ว
| Table of Contents | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
การเรียกใช้งานโปรแกรม Apptainer
ใช้คำสั่ง
ml av Apptainerเพื่อดูว่ามี Apptainer เวอร์ชั่นไหนบ้างบนเครื่อง LANTA
...
| Code Block |
|---|
username@lanta:~> ml Apptainer/1.1.6 |
การใช้คำสั่ง apptainer pull
ใช้สำหรับการดึงไฟล์ container จาก URI โดยโครงสร้างของการใช้คำสั่ง apptainer pull ประกอบด้วย 3 ส่วนต่อไปนี้
...
รายละเอียดของ URI ที่รองรับ
คำสั่ง 'pull' ช่วยให้คุณสามารถดาวน์โหลดหรือสร้างไฟล์ container Container จาก URI ที่กำหนดได้ URI ที่รองรับ เช่น
library: ดึง image Image จาก library Library ที่กำหนดค่าไว้ในปัจจุบัน
library://user/collection/container[:tag]
docker: ดึง image Image จาก Docker Hub
docker://user/image:tag
shub: ดึง image Image จาก Singularity Hub
shub://user/image:tag
...
Options ที่นิยมใช้ร่วมกับคำสั่ง apptainer pull เช่น
--arch stringใช้ระบุ architecture Architecture ของ container Container ที่จะดึงจาก library Library (ค่าเริ่มต้นเป็น “amd64“)--arch-variant stringใช้ระบุตัวแปร architecture Architecture ของ container Container ที่จะดึงจาก libraryLibrary--dir stringใช้ระบุ directory Directory สำหรับดาวน์โหลด containerContainer-F, --forceเขียนทับไฟล์ container Container เดิม หากมีไฟล์ container Container นี้อยู่แล้ว--library stringดาวน์โหลดไฟล์ container Container จาก library Library ที่ให้ไว้
แหล่งดาวน์โหลดไฟล์ container
แหล่งดาวน์โหลดไฟล์ container Container ที่ได้รับความนิยม เช่น
Docker hub
...
https://catalog.ngc.nvidia.com/containers
ตัวอย่างการดาวน์โหลด
ตัวอย่างการดาวน์โหลดไฟล์ container Container จาก libraryLibrary
| Code Block |
|---|
username@lanta:~> apptainer pull alpine.sif library://alpine:latest |
ตัวอย่างการดาวน์โหลดไฟล์ container Container จาก docker Docker hub
| Code Block |
|---|
username@lanta:~> apptainer pull tensorflow.sif docker://tensorflow/tensorflow:latest-gpu username@lanta:~> apptainer pull --arch arm --arch-variant 6 alpine.sif docker://alpine:latest |
ตัวอย่างการดาวน์โหลดไฟล์ container Container จาก NVIDIA NGC Catalog
| Code Block |
|---|
username@lanta:~> apptainer pull tensorflowpytorch.sif docker://nvcr.io/nvidia/pytorch:24.05-py3 |
ตัวอย่างการดาวน์โหลดไฟล์ container Container จาก singularity Singularity Hub
| Code Block |
|---|
username@lanta:~> apptainer pull apptainer-images.sif shub://vsoch/apptainer-images |
การดาวน์โหลดไฟล์ Container โดยใช้คำสั่งอื่นๆ
นอกจากการดาวน์โหลดไฟล์ Container ด้วยคำสั่ง apptainer pull แล้ว ยังสามารถใช้คำสั่ง apptainer build และ wget ในการดาว์นโหลดไฟล์ Container ได้ด้วย
การใช้คำสั่ง apptainer build ในการดาวน์โหลดไฟล์ Container
คุณสามารถใช้คำสั่ง apptainer build เพื่อดาวน์โหลดไฟล์ Container จาก Docker Hub ได้ ตัวอย่างเช่น
...
การใช้คำสั่ง wget ในการดาวน์โหลดไฟล์ Container
คุณสามารถใช้คำสั่ง wget เพื่อดาวน์โหลดไฟล์ Container ได้ ตัวอย่างเช่น
| Code Block |
|---|
wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/TRINITY_SINGULARITY/trinityrnaseq.v2.15.1.simg |
คู่มืออื่นๆที่เกี่ยวข้อง
| Filter by label (Content by label) | ||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
...