...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
This article describes how to execute a Python script on the LANTA HPC system using Apptainer. The following table of contents provides a summary of the article's material so that the reader can quickly identify the most important sections.
| Table of Contents | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
Install Singularity 3.x on your local linux machine.
แนะนำติดตั้ง Singularity ตาม the official guide https://sylabs.io/guides/3.5/user-guide/quick_start.html
หลีกเลี่ยงการใช้ apt-get หรือ yum ซึ่งจะได้เวอร์ชั่นที่ต่ำกว่า 3.x ค่อนข้างมากและไม่ fully compatible กับ Singularity 3.4 และ 3.3 ที่ถูกติดตั้งอยู่บน TARA
ซึ่งคำแนะนำนี้อาจได้รับการปรับเปลี่ยนในอนาคตขึ้นกับ version ที่ถูกติดตั้งบน HPC system
How to check the software version on HPC system (TARA)
บน TARA-frontend-node สามารถตรวจสอบว่าคลัสเตอร์มีการติดตั้งซอฟแวร์ใดให้ใช้งานได้ด้วยคำสั่ง
$ module avail
$ module avail
------------------------- /tarafs/utils/modules/modules/all --------------------------
ANSYS/2020.1
ARAGORN/1.2.38-foss-2019b
AUGUSTUS/3.3.3-foss-2019b
Advisor/2019_update5
Autoconf/2.69-GCCcore-8.3.0
Autoconf/2.69-GCCcore-10.2.0
Autoconf/2.69 (D)
…
2. หากต้องการจำเพาะเจาะจงชื่อซอฟแวร์เพื่อตรวจสอบเวอร์ชั่น ดังเช่นกรณีนี้ต้องการทราบเวอร์ชั่นของ Singularity บน HPC system TARA
$ module avail Singularity
$ module avail singularity
------------------------- /tarafs/utils/modules/modules/all --------------------------
Singularity/3.3.0 Singularity/3.4.2 (D)
Where:
D: Default Module
Use "module spider" to find all possible modules.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of
the "keys".
ซึ่งปัจจุบัน (เข้าถึงระบบเมื่อ 23/07/2021) Singularity บน TARA มีสองเวอร์ชั่นคือ 3.3.0 และ 3.4.2 (D) ซึ่ง (D) คือการระบุว่าเป็น default version
Related articles
| Filter by label (Content by label) | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
Example of a Slurm script for launching the Python script
Running on Compute node
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash
#SBATCH -p compute # Specify partition [Compute/Memory/GPU]
#SBATCH -N 1 -c 128 # Specify number of nodes and processors per task
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Specify tasks per node
#SBATCH -t 120:00:00 # Specify maximum time limit (hour: minute: second)
#SBATCH -A ltxxxxxx # Specify project name
#SBATCH -J JOBNAME # Specify job name
module load Apptainer/1.1.6 # Load the Apptainer module
apptainer exec -B $PWD:$PWD file.sif python3 file.py # Run your program |
| Info |
|---|
Full node: -c 128, Half node: -c 64, ¼ node: -c 32 |
Running on GPU node
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash
#SBATCH -p gpu # Specify partition [Compute/Memory/GPU]
#SBATCH -N 1 -c 16 # Specify number of nodes and processors per task
#SBATCH --gpus-per-task=1 # Specify number of GPU per task
#SBATCH --ntasks-per-node=4 # Specify tasks per node
#SBATCH -t 120:00:00 # Specify maximum time limit (hour: minute: second)
#SBATCH -A ltxxxxxx # Specify project name
#SBATCH -J JOBNAME # Specify job name
module load Apptainer/1.1.6 # Load the Apptainer module
apptainer exec --nv -B $PWD:$PWD file.sif python3 file.py # Run your program |
| Info |
|---|
1 GPU card: --ntasks-per-node=1, 2 GPU cards: --ntasks-per-node=2, 4 GPU cards: --ntasks-per-node=4 |
Submit a job
Use the sbatch script.sh command to submit your job to the Slurm system.
| Code Block |
|---|
username@lanta:~> sbatch script.sh |
Related articles
| Filter by label (Content by label) | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
...