บทความนี้อธิบายการใช้งานโปรแกรม Apptainer สำหรับการดาว์นโหลดไฟล์ Container บนระบบ LANTA โดยหัวข้อต่อไปนี้ให้ข้อมูลสรุปเนื้อหาของบทความ เพื่อให้ผู้อ่านสามารถระบุส่วนที่ต้องการอ่านได้อย่างรวดเร็ว
การใช้คำสั่ง apptainer pull
ใช้สำหรับการดึงไฟล์ container จาก URI โดยโครงสร้างของการใช้คำสั่ง apptainer pull ประกอบด้วย 3 ส่วนต่อไปนี้
Pull options
Output file
URI
username@lanta:~> apptainer pull [pull options] [output file] <URI>
รายละเอียดของ URI ที่รองรับ
คำสั่ง 'pull' ช่วยให้คุณสามารถดาวน์โหลดหรือสร้างไฟล์ container จาก URI ที่กำหนดได้ URI ที่รองรับ เช่น
library: ดึง image จาก library ที่กำหนดค่าไว้ในปัจจุบัน
library://user/collection/container[:tag]
docker: ดึง image จาก Docker Hub
docker://user/image:tag
shub: ดึง image จาก Singularity Hub
shub://user/image:tag
รายละเอียดของ Options สำหรับคำสั่ง apptainer pull
Options ที่นิยมใช้ร่วมกับคำสั่ง apptainer pull เช่น
--arch string
ใช้ระบุ architecture ของ container ที่จะดึงจาก library (ค่าเริ่มต้นเป็น “amd64“)--arch-variant string
ใช้ระบุตัวแปร architecture ของ container ที่จะดึงจาก library--dir string
ใช้ระบุ directory สำหรับดาวน์โหลด container-F, --force
เขียนทับไฟล์ container เดิม หากมีไฟล์ container นี้อยู่แล้ว--library string
ดาวน์โหลดไฟล์ container จาก library ที่ให้ไว้
แหล่งดาวน์โหลดไฟล์ container
แหล่งดาวน์โหลดไฟล์ container ที่ได้รับความนิยม เช่น
Docker hub
NVIDIA NGC Catalog
https://catalog.ngc.nvidia.com/containers
ตัวอย่างการดาว์นโหลด
ตัวอย่างการดาว์นโหลดไฟล์ container จาก library
username@lanta:~> apptainer pull alpine.sif library://alpine:latest
ตัวอย่างการดาว์นโหลดไฟล์ container จาก docker hub
username@lanta:~> apptainer pull tensorflow.sif docker://tensorflow/tensorflow:latest username@lanta:~> apptainer pull --arch arm --arch-variant 6 alpine.sif docker://alpine:latest
ตัวอย่างการดาว์นโหลดไฟล์ container จาก NVIDIA NGC Catalog
username@lanta:~> apptainer pull tensorflow.sif docker://nvcr.io/nvidia/pytorch:24.05-py3
ตัวอย่างการดาว์นโหลดไฟล์ container จาก singularity Hub
username@lanta:~> apptainer pull apptainer-images.sif shub://vsoch/apptainer-images
การดาว์นโหลดไฟล์ Container โดยใช้คำสั่งอื่นๆ
นอกจากการดาว์นโหลดไฟล์ Container ด้วยคำสั่ง apptainer pull แล้ว ยังสามารถใช้คำสั่ง apptainer build และ wget ในการดาว์นโหลดไฟล์ Container ได้ด้วย
การใช้คำสั่ง apptainer build ในการดาว์นโหลดไฟล์ Container
คุณสามารถใช้คำสั่ง apptainer build เพื่อดาวน์โหลดไฟล์ Container จาก Docker Hub ได้ ตัวอย่างเช่น
apptainer build tensorflow.sif docker://tensorflow/tensorflow:latest
การใช้คำสั่ง wget ในการดาว์นโหลดไฟล์ Container
คุณสามารถใช้คำสั่ง wget เพื่อดาวน์โหลดไฟล์ Container ได้ ตัวอย่างเช่น
wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/TRINITY_SINGULARITY/trinityrnaseq.v2.15.1.simg