การติดตั้งโปรแกรม gridss

ทำการติดตั้งโปรแกรมที่ต้องใช้งาน

 ติดตั้ง miniconda3

1. wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3. กด Enter

4. ลงมาล่างสุด พิมพ์ yes และ กด Enter

5. กด Enter (โปรแกรมจะถูกติดตั้งที่ Path home หรือจะเลือกติดตั้ง path อื่นที่เรามีสิทธิ์เข้าถึง)

6. พิมพ์ yes และ กด Enter เพื่อรัน Conda

7. conda config --set auto_activate_base false

8. ออกจาก ssh แล้วทำการ Login เข้าใหม่ครับ

 ติดตั้ง conda grids

ถ้ามี environtment เดิมให้ใช้คำสั่ง

1. conda activate base

2. conda remove gridss

3. เข้าไปที่ Path package ของ miniconda
   miniconda3/pkgs

4. Delete file และ Folder ของ gridss
   rm -rf gridss-2.1.0-0/
   rm -rf gridss-2.1.0-0.tar.bz2

5. ทำการติดตั้งอีกครั้ง
   conda install -c bioconda gridss
   conda update -c bioconda gridss

File gridss.jar จะอยู่ใน path = miniconda3/pkgs/gridss-2.1.0-0/share

ขอบคุณครับ
ทีม ThaiSC

ถ้าสร้าง environtment ใหม่ชื่อ gridss

1. conda create -n gridss gridss

2. conda config --add channels defaults

3. conda config --add channels bioconda

4. conda config --add channels conda-forge

5. conda create -n gridss gridss

6. conda activate gridss

7. conda install bioconductor-structuralvariantannotation

 Install Kraken

1. wget https://raw.githubusercontent.com/easybuilders/easybuild-easyconfigs/766d895a61376c86c99c2f3e3bd8e53a3caf8bcf/easybuild/easyconfigs/k/Kraken/Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

2. vi Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

   1. ปรับ toolchain ให้เป็น 2019b และปรับ dependencies ตามด้านล่างครับ

      1. toolchain = {'name': 'foss', 'version': '2019b'}

      2. dependencies = [
         ('Perl', '5.30.0'),
         # Jellyfish 1.x is required, see https://github.com/DerrickWood/kraken/issues/69
         ('Jellyfish', '2.3.0'),
         #('wget', '1.20.1'),
         ]

   2. ทดสอบรันว่าไม่ติดปัญหา

      1. ml EasyBuild

      2. ml Perl/5.30.0-GCCcore-8.3.0

      3. ml Jellyfish/2.3.0-GCC-8.3.0

      4. eb -Dr Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

   3. และทำการติดตั้งใน local modules ของเราและการเรียกใช้งาน

      1. eb -r Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

      2. mu

      3. ml Kraken/1.1-foss-2019b-Perl-5.30.0

 Install R

ทำการติดตั้ง packages ที่ต้องการใช้

1. ml R-bundle-Bioconductor/3.10-fosscuda-2019b-R-3.6.2

2. R

   1. **หมายเหตุ การติดตั้งครั้งแรกจะมีการถาม CRAN ให้เลือก 0-Cloud [https] กด OK 5.2 install.packages("stringdist", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local")) 5.3 install.packages("BiocManager", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local") 5.4 เรียกใช้งาน Library "BiocManager" โดยใช้คำสั่ง - library("BiocManager") 5.5 ติดตั้ง BiocManager Packages เพิ่มเติม - BiocManager::install("BSgenome", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local") ** หากมีขึ้นถามว่า Update หรือไม่ ให้เลือก a และ กด enter คือ Update All - BiocManager::install("StructuralVariantAnnotation", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local") - BiocManager::install("rtracklayer", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local") 5.6 เมื่อติดตั้งเรียบร้อย ออกจากโปรแกรม R - กด ctrl+D - Save workplace พิมพ์ (y) 5.7 ย้อนกลับไปโฟลเดอร์เดิม - cd ..

       

 Install gridss

1. cd ; pwd

2. git clone http://github.com/PapenfussLab/gridss/

3. cd gridss/

4. git submodule init

5. git submodule update

6. cd src/main/c/gridsstools/htslib/

7. autoheader

8. autoconf

9. ./configure && make

10. cd ..

11. autoheader

12. autoconf

13. ./configure && make all

14. cd ; pwd

15. ls -la $PWD/miniconda3/pkgs/gridss-2.12.2-h270b39a_0/share/gridss-2.12.2-0/

16. ml purge

17. ml intel SAMtools/1.10-GCC-8.3.0 HTSlib/1.10.2-GCC-8.3.0 RepeatMasker/4.0.9-p2-gompi-2019b-HMMER BCFtools/1.10.2-GCC-8.3.0 BWA/0.7.17-intel-2019b Java/11.0.2 R-bundle-Bioconductor/3.10-fosscuda-2019b-R-3.6.2

18. mu

19. ml Kraken/1.1-foss-2019b-Perl-5.30.0

20. conda activate base (environtment ที่เรามีอยู่เดิม) หรือ conda activate gridss (environtment ที่เราสร้างใหม่)

21. gridss --help

 Related articles

https://github.com/PapenfussLab/gridss