MrBayes [TH]
- Viwan Jarerattanachat
MrBayes เป็น software สำหรับการอนุมาน phylogenetic tree โดยใช้ Bayesian inference และวิธี Markov chain Monte Carlo (MCMC)
Software website : https://nbisweden.github.io/MrBayes/
Manual : https://github.com/NBISweden/MrBayes/blob/develop/doc/manual/Manual_MrBayes_v3.2.pdf
ตัวอย่าง script ในการ submit job
#!/bin/bash
#SBATCH -p memory
#SBATCH -N 1 -n 8
#SBATCH --mem=64GB
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH -J MrBayes
#SBATCH -A projxxxx
module purge
module load MrBayes/3.2.7-foss-2019b
srun mb-mpi < input.txt > logfile.logตัวอย่างด้านบนจะเรียกใช้งานทรัพยากรจำนวน 1 node (-N 1) 8 MPI tasks (-n 8) แต่ละ task ใช้ 1 cores (ไม่ได้กำหนด ค่าเริ่มต้นคือ -c 1 ซึ่งเป็นการเรียกใช้ 1 core) รวมใช้ 8 cores
ทั้งนี้การใช้ memory partition จะทำให้สามารถปรับค่า memory (--mem) ได้โดยไม่ขึ้นกับจำนวน cores ที่เรียกใช้งาน
ผลคูณของ จำนวน run และ จำนวน chain จะต้องหารด้วย -n ลงตัว เช่น 2 runs x 4 chains = 8 จะสามารถกำหนด -n เป็น 2, 4, หรือ 8 ได้
ปัญหาที่อาจจะพบ
Troubleshooting
Error message
There must be as many chains as MPI processes
วิธีแก้ไข
เปลี่ยนค่า --ntasks-per-node เป็นผลคูณของจำนวน run และจำนวน chain ที่ใช้งาน