BLAST+ [TH]

Owned by Viwan Jarerattanachat, created
Sept 23, 2021
1 min read

บนระบบ TARA มี NCBI BLAST database ซึ่งสามารถใช้งานได้ผ่าน module BLASTDB

Software Website : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

ตัวอย่าง script ในการ submit job

#!/bin/bash #SBATCH -p memory #SBATCH -N 1 -n 4 #SBATCH --mem=32GB #SBATCH -t 72:00:00 #SBATCH -A projxxxx #SBATCH -J blastxjob module purge module load BLAST+ module load BLASTDB blastx -db nr -num_threads 4 -query input.fasta -outfmt 6 > output.txt

ตัวอย่างด้านบนจะเรียกใช้งานทรัพยากรจำนวน 1 node (-N 1) ใช้ 1 cores (-c 1) และ RAM 8 GB (--mem=8GB) ซึ่งผู้ใช้งานสามาถปรับค่าเหล่านี้ได้ตามความเหมาะสม

Related articles