Amber [TH]

Amber เป็น software ทางด้าน classical molecular dynamics (MD) สำหรับงานวิจัยด้าน Biochemistry

Software website : http://ambermd.org/

ศึกษาการติดตั้งโปรแกรม AMBER ได้ที่ Amber Installation [EN]

การใช้งาน Amber version 20

1. เตรียม Input

ศึกษาการเตรียม input สำหรับ AMBER ได้ที่ https://ambermd.org/tutorials/

2. การเตรียม Job submission script

2.1 การใช้งานบน compute node

ตัวอย่างสำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 160 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง ภายใต้ project account projXXXX (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)

ตัวอย่าง job submission script <AMBER-test.sh>

#!/bin/bash -l #SBATCH --partition=compute # specific partition to gpu node #SBATCH -N 4 --ntasks-per-node=40 # for requset 4 compute node with 40 cpu-cores #SBATCH --time=120:00:00 # job time limit <hr:min:sec> #SBATCH --account=projXXXX # change projXXXX to your project account #SBATCH --job-name=testMD module purge # purge all module module load bzip2/1.0.8-GCCcore-8.3.0 module load XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0 module load GCC/8.3.0 module load OpenMPI/3.1.4-gcccuda-2019b WORKDIR=$SLURM_SUBMIT_DIR ###################################################### # nothing should need changed below here to run unless you do not export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src" export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src export PATH="${AMBER_PREFIX}/bin:${PATH}" # Add location of Amber Python modules to default Python search path cd $AMBERHOME source amber.sh ###################################################### cd $WORKDIR srun pmemd.MPI -O -i input.in -o md.out -p system.top -c md_2.restrt -ref md_2.restrt -r md_1.restrt -x md_1.nc -v mdvel

ต้องทำการตั้งค่า AMBER_PREFIX และ AMBERHOME ให้ตรงกับ location ของโปรแกรม Amber ที่ท่านได้ทำการติดตั้ง เช่น หากติดตั้งที่ /tarafs/data/project/proj0999/amber20_src จะต้องระบุดังข้อมูลด้านล่าง

export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0999/amber20_src" export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0999/amber20_src

2.2 การใช้งานบน GPU node

#!/bin/bash -l #SBATCH --partition=gpu # specific partition to gpu node #SBATCH --nodes=1 # for requset 1 compute node with 40 cpu-cores #SBATCH --time=120:00:00 # job time limit <hr:min:sec> #SBATCH --account=projXXXX # change projXXXX to your project account #SBATCH --job-name=testMD module purge # purge all module module load bzip2/1.0.8-GCCcore-8.3.0 module load XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0 module load CUDA/10.1.243-GCC-8.3.0 module load gcccuda/2019b module load OpenMPI/3.1.4-gcccuda-2019b WORKDIR=$SLURM_SUBMIT_DIR ###################################################### # nothing should need changed below here to run unless you do not export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src" export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src export PATH="${AMBER_PREFIX}/bin:${PATH}" # Add location of Amber Python modules to default Python search path cd $AMBERHOME source amber.sh ###################################################### cd $WORKDIR srun -n 2 pmemd.cuda.MPI -O -i input.in -o md.out -p system.top -c md_2.restrt -ref md_2.restrt -r md_1.restrt -x md_1.nc -v mdvel

3. Job submission

ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script

การวิเคราะห์ผลด้วย cpptraj

หากโครงสร้างที่ต้องการวิเคราะห์มีขนาดไม่เกิน 100,000 atoms ขอแนะนำให้ทำการวิเคราะห์ผลด้วย cpptraj บน devel node โดยใช้ 1 CPU-cores และ job time limit 2:00:00 ชั่งโมง

ตัวอย่าง job submission script <cpptraj-test.sh> สำหรับ Trajectory analysis บน compute node

ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script

Related articles