ทำการติดตั้งโปรแกรมที่ต้องใช้งาน
\uD83D\uDCD8 ติดตั้ง miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
กด Enter
ลงมาล่างสุด พิมพ์ yes และ กด Enter
กด Enter (โปรแกรมจะถูกติดตั้งที่ Path home หรือจะเลือกติดตั้ง path อื่นที่เรามีสิทธิ์เข้าถึง)
พิมพ์ yes และ กด Enter เพื่อรัน Conda
conda config --set auto_activate_base false
ออกจาก ssh แล้วทำการ Login เข้าใหม่ครับ
\uD83D\uDCD8 ติดตั้ง conda grids
ถ้ามี environtment เดิมให้ใช้คำสั่ง
conda activate base
conda remove gridss
เข้าไปที่ Path package ของ miniconda
miniconda3/pkgsDelete file และ Folder ของ gridss
rm -rf gridss-2.1.0-0/
rm -rf gridss-2.1.0-0.tar.bz2ทำการติดตั้งอีกครั้ง
conda install -c bioconda gridss
conda update -c bioconda grids
File gridss.jar จะอยู่ใน path = miniconda3/pkgs/gridss-2.1.0-0/share
ขอบคุณครับ
ทีม ThaiSC
ถ้าสร้าง environtment ใหม่ชื่อ gridss
conda create -n gridss gridss
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda create -n gridss gridss
conda activate gridss
conda install bioconductor-structuralvariantannotation
\uD83D\uDCD8 Install Kraken
vi Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb
ปรับ toolchain ให้เป็น 2019b
toolchain = {'name': 'foss', 'version': '2019b'}
ทดสอบรันว่าไม่ติดปัญหา
ml EasyBuild
eb -Dr Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb
และทำการติดตั้งใน local modules ของเรา
eb -r Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb
mu
ml Kraken/1.1-foss-2019b-Perl-5.30.0
\uD83D\uDCD8 Install R
ทำการติดตั้ง packages ที่ต้องการใช้
ml R-bundle-Bioconductor/3.10-fosscuda-2019b-R-3.6.2
R
**หมายเหตุ การติดตั้งครั้งแรกจะมีการถาม CRAN ให้เลือก 0-Cloud [https] กด OK 5.2 install.packages("stringdist", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local")) 5.3 install.packages("BiocManager", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local") 5.4 เรียกใช้งาน Library "BiocManager" โดยใช้คำสั่ง - library("BiocManager") 5.5 ติดตั้ง BiocManager Packages เพิ่มเติม - BiocManager::install("BSgenome", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local") ** หากมีขึ้นถามว่า Update หรือไม่ ให้เลือก a และ กด enter คือ Update All - BiocManager::install("StructuralVariantAnnotation", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local") - BiocManager::install("rtracklayer", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local") 5.6 เมื่อติดตั้งเรียบร้อย ออกจากโปรแกรม R - กด ctrl+D - Save workplace พิมพ์ (y) 5.7 ย้อนกลับไปโฟลเดอร์เดิม - cd ..
\uD83D\uDCD8 Install gridss
cd ; pwd
git clone http://github.com/PapenfussLab/gridss/
cd gridss/
git submodule init
git submodule update
cd src/main/c/gridsstools/htslib/
autoheader
autoconf
./configure && make
cd ..
autoheader
autoconf
./configure && make all
cd ; pwd
ls -la $PWD/miniconda3/pkgs/gridss-2.12.2-h270b39a_0/share/gridss-2.12.2-0/
ml purge
ml intel SAMtools/1.10-GCC-8.3.0 HTSlib/1.10.2-GCC-8.3.0 RepeatMasker/4.0.9-p2-gompi-2019b-HMMER BCFtools/1.10.2-GCC-8.3.0 BWA/0.7.17-intel-2019b Java/11.0.2 R-bundle-Bioconductor/3.10-fosscuda-2019b-R-3.6.2
mu
ml Kraken/1.1-foss-2019b-Perl-5.30.0
conda activate base (environtment ที่เรามีอยู่เดิม) หรือ conda activate gridss (environtment ที่เราสร้างใหม่)
gridss --help
Highlight important information in a panel like this one. To edit this panel's color or style, select one of the options in the menu.
\uD83D\uDCCB Related articles
https://github.com/PapenfussLab/gridss