Skip to end of metadata
Go to start of metadata

You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 5 Next »

ทำการติดตั้งโปรแกรมที่ต้องใช้งาน

\uD83D\uDCD8 ติดตั้ง miniconda3

  1. wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

  2. sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

  3. กด Enter

  4. ลงมาล่างสุด พิมพ์ yes และ กด Enter

  5. กด Enter (โปรแกรมจะถูกติดตั้งที่ Path home หรือจะเลือกติดตั้ง path อื่นที่เรามีสิทธิ์เข้าถึง)

  6. พิมพ์ yes และ กด Enter เพื่อรัน Conda

  7. conda config --set auto_activate_base false

  8. ออกจาก ssh แล้วทำการ Login เข้าใหม่ครับ

\uD83D\uDCD8 ติดตั้ง conda grids

ถ้ามี environtment เดิมให้ใช้คำสั่ง

  1. conda activate base

  2. conda remove gridss

  3. เข้าไปที่ Path package ของ miniconda
    miniconda3/pkgs

  4. Delete file และ Folder ของ gridss
    rm -rf gridss-2.1.0-0/
    rm -rf gridss-2.1.0-0.tar.bz2

  5. ทำการติดตั้งอีกครั้ง
    conda install -c bioconda gridss
    conda update -c bioconda grids

File gridss.jar จะอยู่ใน path = miniconda3/pkgs/gridss-2.1.0-0/share

ขอบคุณครับ
ทีม ThaiSC

ถ้าสร้าง environtment ใหม่ชื่อ gridss

  1. conda create -n gridss gridss

  2. conda config --add channels defaults

  3. conda config --add channels bioconda

  4. conda config --add channels conda-forge

  5. conda create -n gridss gridss

  6. conda activate gridss

  7. conda install bioconductor-structuralvariantannotation

\uD83D\uDCD8 Install Kraken

  1. wget https://raw.githubusercontent.com/easybuilders/easybuild-easyconfigs/766d895a61376c86c99c2f3e3bd8e53a3caf8bcf/easybuild/easyconfigs/k/Kraken/Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

  2. vi Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

    1. ปรับ toolchain ให้เป็น 2019b และปรับ dependencies ตามด้านล่างครับ

      1. toolchain = {'name': 'foss', 'version': '2019b'}

      2. dependencies = [
        ('Perl', '5.30.0'),
        # Jellyfish 1.x is required, see https://github.com/DerrickWood/kraken/issues/69
        ('Jellyfish', '2.3.0'),
        #('wget', '1.20.1'),
        ]

    2. ทดสอบรันว่าไม่ติดปัญหา

      1. ml EasyBuild

      2. ml Perl/5.30.0-GCCcore-8.3.0

      3. ml Perl/5.30.0-GCCcore-8.3.0

      4. eb -Dr Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

    3. และทำการติดตั้งใน local modules ของเราและการเรียกใช้งาน

      1. eb -r Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

      2. mu

      3. ml Kraken/1.1-foss-2019b-Perl-5.30.0

\uD83D\uDCD8 Install R

ทำการติดตั้ง packages ที่ต้องการใช้

  1. ml R-bundle-Bioconductor/3.10-fosscuda-2019b-R-3.6.2

  2. R

    1.  **หมายเหตุ การติดตั้งครั้งแรกจะมีการถาม CRAN ให้เลือก 0-Cloud [https] กด OK

 5.2 install.packages("stringdist", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local"))
 5.3 install.packages("BiocManager", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local")
 5.4 เรียกใช้งาน Library "BiocManager" โดยใช้คำสั่ง
       -  library("BiocManager")
 5.5 ติดตั้ง BiocManager Packages เพิ่มเติม
       - BiocManager::install("BSgenome", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local")
          ** หากมีขึ้นถามว่า Update หรือไม่ ให้เลือก a และ กด enter คือ Update All
       - BiocManager::install("StructuralVariantAnnotation", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local")
       - BiocManager::install("rtracklayer", lib="$HOME/<กำหนด path ที่ต้องการ>/R_local")
  5.6 เมื่อติดตั้งเรียบร้อย ออกจากโปรแกรม R
       - กด ctrl+D
       - Save workplace พิมพ์ (y)
  5.7 ย้อนกลับไปโฟลเดอร์เดิม 
       - cd ..

\uD83D\uDCD8 Install gridss

  1. cd ; pwd

  2. git clone http://github.com/PapenfussLab/gridss/

  3. cd gridss/

  4. git submodule init

  5. git submodule update

  6. cd src/main/c/gridsstools/htslib/

  7. autoheader

  8. autoconf

  9. ./configure && make

  10. cd ..

  11. autoheader

  12. autoconf

  13. ./configure && make all

  14. cd ; pwd

  15. ls -la $PWD/miniconda3/pkgs/gridss-2.12.2-h270b39a_0/share/gridss-2.12.2-0/

  16. ml purge

  17. ml intel SAMtools/1.10-GCC-8.3.0 HTSlib/1.10.2-GCC-8.3.0 RepeatMasker/4.0.9-p2-gompi-2019b-HMMER BCFtools/1.10.2-GCC-8.3.0 BWA/0.7.17-intel-2019b Java/11.0.2 R-bundle-Bioconductor/3.10-fosscuda-2019b-R-3.6.2

  18. mu

  19. ml Kraken/1.1-foss-2019b-Perl-5.30.0

  20. conda activate base (environtment ที่เรามีอยู่เดิม) หรือ conda activate gridss (environtment ที่เราสร้างใหม่)

  21. gridss --help

Highlight important information in a panel like this one. To edit this panel's color or style, select one of the options in the menu.

https://github.com/PapenfussLab/gridss

  • No labels