Versions Compared

Old Version 1

changes.mady.by.user Chompoonut Rugnim

Saved on

compared with

New Version 2

changes.mady.by.user Chompoonut Rugnim

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.
Tip

Things that user must KNOW/DONE before follow this instruction.

...

*ผู้ใช้งานต้องทำการจัดซื้อสิทธิ์การใช้งานกับบริษัทผู้พัฒนาโปรแกรม และทำการติดตั้งโปรแกรมบนระบบ HPC ก่อนเริ่มการใช้งาน โปรดติดต่อ https://www.vasp.at/registration_form/ เพื่อจัดซื้อสิทธิ์การใช้งาน

การใช้งาน VASP version 5.4.4

Info

หากท่านมีสิทธิ์การใช้งาน VASP version 5.4.4 เรียบร้อยแล้ว สามารถส่งหลักฐาน license agreement มายัง thaisc-support@nstda.or.th เพื่อเปิดการใช้งาน VASP module

1. เตรียม Input

1.1 INCAR

ตัวอย่างไฟล์ INCAR

Code Block
SYSTEM = vasp_vtst-O3-AVX512-no_omp-intel-2019b
ENCUT = 400
PREC = Normal
LREAL = Auto
EDIFFG = -0.02
EDIFF = 1E-5
NSW = 0
IBRION = 2
ISIF = 2
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
ISPIN = 2
ALGO = Fast
ISTART = 1
NCORE = 40

IVDW = 11
VDW_S6 = 1.0
VDW_S8 = 0.722
VDW_SR = 1.217


1.2 KPOINT

ตัวอย่างไฟล์ KPOINTS

Code Block
Automatic mesh
0
Monk
3 3 1
0 0 0

1.3 POSCAR

ตัวอย่างไฟล์ POSCAR

Code Block
vasp_vtst-O3-AVX512-no_omp-intel-2019b
1.0
       16.0846004486         0.0000000000         0.0000000000
        8.0422717651        21.1232180965         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000        22.1886997223
    P   Mo    C    O    H
   50   75    4    1    8
Selective dynamics
Direct
     0.157609999         0.087520003         0.138919994 T T T
     0.015850000         0.171069995         0.042390000 F F F
     0.357609987         0.087520003         0.138919994 T T T
     0.215849996         0.171069995         0.042390000 F F F
     0.557609975         0.087520003         0.138919994 T T T
     0.415850013         0.171069995         0.042390000 F F F
     0.757610023         0.087520003         0.138919994 T T T
     0.615849972         0.171069995         0.042390000 F F F
     0.957610011         0.087520003         0.138919994 T T T
     0.815850019         0.171069995         0.042390000 F F F
     0.157609999         0.287519991         0.138919994 T T T
     0.015850000         0.371069998         0.042390000 F F F
     0.357609987         0.287519991         0.138919994 T T T
     0.215849996         0.371069998         0.042390000 F F F
     0.557609975         0.287519991         0.138919994 T T T
     0.415850013         0.371069998         0.042390000 F F F
     0.757610023         0.287519991         0.138919994 T T T
     0.615849972         0.371069998         0.042390000 F F F
     0.957610011         0.287519991         0.138919994 T T T
     0.815850019         0.371069998         0.042390000 F F F
     0.157609999         0.487520009         0.138919994 T T T
     0.015850000         0.571070015         0.042390000 F F F
     0.357609987         0.487520009         0.138919994 T T T
     0.215849996         0.571070015         0.042390000 F F F
     0.557609975         0.487520009         0.138919994 T T T
     0.415850013         0.571070015         0.042390000 F F F
     0.757610023         0.487520009         0.138919994 T T T
     0.615849972         0.571070015         0.042390000 F F F
     0.957610011         0.487520009         0.138919994 T T T
     0.815850019         0.571070015         0.042390000 F F F
     0.157609999         0.687520027         0.138919994 T T T
     0.015850000         0.771070004         0.042390000 F F F
     0.357609987         0.687520027         0.138919994 T T T
     0.215849996         0.771070004         0.042390000 F F F
     0.557609975         0.687520027         0.138919994 T T T
     0.415850013         0.771070004         0.042390000 F F F
     0.757610023         0.687520027         0.138919994 T T T
     0.615849972         0.771070004         0.042390000 F F F
     0.957610011         0.687520027         0.138919994 T T T
     0.815850019         0.771070004         0.042390000 F F F
     0.157609999         0.887520015         0.138919994 T T T
     0.015850000         0.971069992         0.042390000 F F F
     0.357609987         0.887520015         0.138919994 T T T
     0.215849996         0.971069992         0.042390000 F F F
     0.557609975         0.887520015         0.138919994 T T T
     0.415850013         0.971069992         0.042390000 F F F
     0.757610023         0.887520015         0.138919994 T T T
     0.615849972         0.971069992         0.042390000 F F F
     0.957610011         0.887520015         0.138919994 T T T
     0.815850019         0.971069992         0.042390000 F F F
     0.032540001         0.137669995         0.197390005 T T T
     0.100110002         0.202559993         0.119479999 T T T
     0.158600003         0.085570000         0.026660001 F F F
     0.232539997         0.137669995         0.197390005 T T T
     0.300110012         0.202559993         0.119479999 T T T
     0.358599991         0.085570000         0.026660001 F F F
     0.432539999         0.137669995         0.197390005 T T T
     0.500109971         0.202559993         0.119479999 T T T
     0.558600008         0.085570000         0.026660001 F F F
     0.632539988         0.137669995         0.197390005 T T T
     0.700110018         0.202559993         0.119479999 T T T
     0.758599997         0.085570000         0.026660001 F F F
     0.832539976         0.137669995         0.197390005 T T T
     0.900110006         0.202559993         0.119479999 T T T
     0.958599985         0.085570000         0.026660001 F F F
     0.032540001         0.337669998         0.197390005 T T T
     0.100110002         0.402559996         0.119479999 T T T
     0.158600003         0.285569996         0.026660001 F F F
     0.232539997         0.337669998         0.197390005 T T T
     0.300110012         0.402559996         0.119479999 T T T
     0.358599991         0.285569996         0.026660001 F F F
     0.432539999         0.337669998         0.197390005 T T T
     0.500109971         0.402559996         0.119479999 T T T
     0.558600008         0.285569996         0.026660001 F F F
     0.632539988         0.337669998         0.197390005 T T T
     0.700110018         0.402559996         0.119479999 T T T
     0.758599997         0.285569996         0.026660001 F F F
     0.832539976         0.337669998         0.197390005 T T T
     0.900110006         0.402559996         0.119479999 T T T
     0.958599985         0.285569996         0.026660001 F F F
     0.032540001         0.537670016         0.197390005 T T T
     0.100110002         0.602559984         0.119479999 T T T
     0.158600003         0.485570014         0.026660001 F F F
     0.232539997         0.537670016         0.197390005 T T T
     0.300110012         0.602559984         0.119479999 T T T
     0.358599991         0.485570014         0.026660001 F F F
     0.432539999         0.537670016         0.197390005 T T T
     0.500109971         0.602559984         0.119479999 T T T
     0.558600008         0.485570014         0.026660001 F F F
     0.632539988         0.537670016         0.197390005 T T T
     0.700110018         0.602559984         0.119479999 T T T
     0.758599997         0.485570014         0.026660001 F F F
     0.832539976         0.537670016         0.197390005 T T T
     0.900110006         0.602559984         0.119479999 T T T
     0.958599985         0.485570014         0.026660001 F F F
     0.032540001         0.737670004         0.197390005 T T T
     0.100110002         0.802559972         0.119479999 T T T
     0.158600003         0.685570002         0.026660001 F F F
     0.232539997         0.737670004         0.197390005 T T T
     0.300110012         0.802559972         0.119479999 T T T
     0.358599991         0.685570002         0.026660001 F F F
     0.432539999         0.737670004         0.197390005 T T T
     0.500109971         0.802559972         0.119479999 T T T
     0.558600008         0.685570002         0.026660001 F F F
     0.632539988         0.737670004         0.197390005 T T T
     0.700110018         0.802559972         0.119479999 T T T
     0.758599997         0.685570002         0.026660001 F F F
     0.832539976         0.737670004         0.197390005 T T T
     0.900110006         0.802559972         0.119479999 T T T
     0.958599985         0.685570002         0.026660001 F F F
     0.032540001         0.937669992         0.197390005 T T T
     0.100110002         0.002560000         0.119479999 T T T
     0.158600003         0.885569990         0.026660001 F F F
     0.232539997         0.937669992         0.197390005 T T T
     0.300110012         0.002560000         0.119479999 T T T
     0.358599991         0.885569990         0.026660001 F F F
     0.432539999         0.937669992         0.197390005 T T T
     0.500109971         0.002560000         0.119479999 T T T
     0.558600008         0.885569990         0.026660001 F F F
     0.632539988         0.937669992         0.197390005 T T T
     0.700110018         0.002560000         0.119479999 T T T
     0.758599997         0.885569990         0.026660001 F F F
     0.832539976         0.937669992         0.197390005 T T T
     0.900110006         0.002560000         0.119479999 T T T
     0.958599985         0.885569990         0.026660001 F F F
     0.421649992         0.566209972         0.343809992 T T T
     0.420340002         0.538100004         0.405119985 T T T
     0.431340009         0.468300015         0.405609995 T T T
     0.436720014         0.441780001         0.469399989 T T T
     0.435889989         0.536620021         0.296590000 T T T
     0.408760011         0.618439972         0.343730003 T T T
     0.358009994         0.567820013         0.427599996 T T T
     0.473369986         0.546729982         0.431629986 T T T
     0.491349995         0.441320002         0.379819989 T T T
     0.375360012         0.462370008         0.380910009 T T T
     0.376569986         0.467449993         0.495719999 T T T
     0.494139999         0.445549995         0.493999988 T T T
     0.444029987         0.391530007         0.468739986 T T T

1.4 POTCAR

POTCAR คือ ไฟล์ที่รวบรวม  pseudopotential ตามลำดับอะตอมที่ระบุไว้ใน POSCAR and the INCAR

ศึกษาการเตรียม POTCAR ได้ที่ https://www.vasp.at/wiki/index.php/POTCAR

2. การเตรียม Job submission script

2.1 การใช้งานบน compute node

ตัวอย่าง job submission script สำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 40 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง ภายใต้ project account train001 (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)

ตัวอย่าง job submission script <VASP-test.sh>

Code Block
#!/bin/bash -l
#SBATCH -p devel                        #specific partition
#SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=40       #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 2:00:00                      #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -A train001                     #project name
#SBATCH -J VASP-test                    #job name
ulimit  -s unlimited

##Module Load##
module purge
module load VASP/5.4.4-vtst-intel-2019b        

##Run VASP###
srun vasp_std

2. 2 การใช้งานบน memory node

ตัวอย่าง job submission script สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้น

Code Block
#!/bin/bash -l
#SBATCH -p memory                       #specific partition
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192        #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 120:00:00                    #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test                         #job name
#SBATCH -A train001                     #project account

3. Job submission

ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script

Code Block
sbatch VASP-test.sh

 

Expand
titleศึกษาการใช้งานเพิ่มเติม

สามารถศึกษาข้อมูลโปรแกรม VASP ได้ที่ https://www.vasp.at/documentation/

...

Related articles

Filter by label (Content by label)
showLabelsfalse
max5
spacescom.atlassian.confluence.content.render.xhtml.model.resource.identifiers.SpaceResourceIdentifier@48ae393
sortmodified
showSpacefalse
reversetrue
typepage
cqllabel = "computational_chemistry" and type = "page" and space = "PLAYG"
labelssingularity python container
Page Properties
hiddentrue

Related issues