VASP [TH]

Owned by Chompoonut Rugnim, created
Last updated: Sept 23, 2021 by Viwan Jarerattanachat
1 min read

VASP หรือ The Vienna Ab initio Simulation Package เป็น software licenses ทางด้าน Quantum Chemistry สามารถศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมได้ที่ https://www.vasp.at/

ผู้ใช้งานต้องทำการจัดซื้อสิทธิ์การใช้งานกับบริษัทผู้พัฒนาโปรแกรม และทำการติดตั้งโปรแกรมบนระบบ HPC ก่อนเริ่มการใช้งาน โปรดติดต่อ https://www.vasp.at/registration_form/ เพื่อจัดซื้อสิทธิ์การใช้งาน

การใช้งาน VASP version 5.4.4

หากท่านมีสิทธิ์การใช้งาน VASP version 5.4.4 เรียบร้อยแล้ว สามารถส่งหลักฐาน license agreement มายัง thaisc-support@nstda.or.th เพื่อเปิดการใช้งาน VASP module

1. เตรียม Input

ในการใช้งานโปรแกรม VASP จะต้องมีการเตรียม input files ที่ใช้ในการรันดังนี้

  1. INCAR

  2. KPOINT

  3. POSCAR

  4. POTCAR

ศึกษาการเตรียม input สำหรับ VASP ได้ที่ https://www.vasp.at/documentation/

2. การเตรียม Job submission script

2.1 การใช้งานบน compute node

ตัวอย่าง job submission script สำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 40 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง ภายใต้ project account train001 (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)

ตัวอย่าง job submission script <VASP-test.sh>

#!/bin/bash -l #SBATCH -p devel #specific partition #SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=40 #specific number of nodes and task per node #SBATCH -t 2:00:00 #job time limit <hr:min:sec> #SBATCH -A train001 #project name #SBATCH -J VASP-test #job name ulimit -s unlimited ##Module Load## module purge module load VASP/5.4.4-vtst-intel-2019b ##Run VASP### srun vasp_std

2. 2 การใช้งานบน memory node

สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้น

#!/bin/bash -l #SBATCH -p memory #specific partition #SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192 #specific number of nodes and task per node #SBATCH -t 120:00:00 #job time limit <hr:min:sec> #SBATCH -J test #job name #SBATCH -A train001 #project account

3. Job submission

ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script

sbatch VASP-test.sh

Related articles