Amber เป็น software ทางด้าน classical molecular dynamics (MD) สำหรับงานวิจัยด้าน Biochemistry
...
| Table of Contents | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
การใช้งาน Amber version 20
1. เตรียม Input
| Info |
|---|
ศึกษาการเตรียม input สำหรับ AMBER ได้ที่ https://ambermd.org/tutorials/ |
...
ตัวอย่างสำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 160 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง ภายใต้ project account projXXXX (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)
ตัวอย่าง job submission script <AMBER-test.sh>
...
| Code Block |
|---|
sbatch AMBER-test.sh |
การวิเคราะห์ผลด้วย cpptraj
หากโครงสร้างที่ต้องการวิเคราะห์มีขนาดไม่เกิน 100,000 atoms ขอแนะนำให้ทำการวิเคราะห์ผลด้วย cpptraj บน devel node โดยใช้ 1 CPU-cores และ job time limit 2:00:00 ชั่งโมง
...