การติดตั้ง miniconda3

ขั้นตอนการติดตั้ง

1. ทำการ download ตัว installer ของ miniconda3 version ล่าสุด และทำการติดตั้งโดยระบุคำสั่งดังนี้

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

...

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

...

2. ดำเนินการตามขั้นตอนที่ปรากฏบนหน้าจอ โดยระบุ yes และ กด Enter

...

กด Enter (โปรแกรมจะถูกติดตั้งที่ Path home หรือจะเลือกติดตั้ง path อื่นที่เรามีสิทธิ์เข้าถึง)

...

พิมพ์ yes และ กด Enter เพื่อรัน Conda

เพื่อยอมรับข้อตกลงการใช้งาน (license ของ miniconda)

3. ระบุ path ที่ต้องการติดตั้ง และกด Enter (สามารถเว้นว่างไว้และกด Enter โดยโปรแกรมจะถูกติดตั้งที่ $HOME/miniconda3)

4. ระบุ yes และ กด Enter เพื่อให้ conda ทำการ setup ~/.bashrc โดยอัตโนมัติเพื่อ set ค่า environment ต่างๆ

5. ระบุคำสั่ง conda config --set auto_activate_base false

...

เพื่อตั้งค่าเริ่มต้นให้เข้า shell ปกติ

...

exit #ออกจาก terminal

...

(ถ้าข้ามขั้นตอนนี้ conda จะ auto activate ตัว base environment ทุกครั้งที่ login)

ตรวจสอบการติดตั้ง

1. ใช้คำสั่ง source ~/.bashrc เพื่อตั้งค่า environment (สามารถ log-out จากนั้น log-in เข้ามาใหม่แทนขั้นตอนนี้ได้)

2. ทดลองเรียกคำสั่ง conda activate base

3. ทดลองเรียกคำสั่ง python -V

การสร้าง local conda environment

1. conda create --name myenv ถ้าไม่ระบุ python version จะเป็นตัวล่าสุด ถ้าต้องการ version อื่นสามารถระบุ version ตามหลังได้ conda create -n myenv python=3.7

2. conda activate myenv #เป็นการเข้าใช้งานสภาพแวดล้อมใหม่

3. pip install tensorflow==2.4.3 #ติดตั้ง tensorflow version 2.4.3 ถ้าไม่ระบุจะเป็น version ล่าสุด

4. pip install numpy #ติดตั้ง numby package

5. pip list #ตรวจสอบ package ที่มี

6. python -V #ตรวจสอบ python version

7. conda deactivate #เป็นการออกจากสภาพแวดล้อม myenv

...

ตัวอย่าง sbatch submit.sh

1. กรณี multithread โดยไม่ใช้ MPI

#!/bin/bash

...

#SBATCH -p gpu                         # specific partition (compute, memory, gpu)

...

#SBATCH -N 1

...

 -c 40                     # specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 1:00:00                     # job time limit
#SBATCH -J testtest                    # job name
#SBATCH -A thaisc                      # Specify Project account which will be received after Register ** If you do not specify in this section, the job will not be able to run.

module purge                           # purge all module
source $HOME/miniconda3/bin/activate myenv

...

module load cuDNN

...

python model_main_tf2.py --model_dir=models/

...

 --pipeline_config_path=models/pipeline.config

2. กรณี multithread โดยใช้ MPI

#!/bin/bash
#SBATCH -p gpu                         # specific partition (compute, memory, gpu)
#SBATCH -N 1 -n 40                     # specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 1:00:00                     # job time limit
#SBATCH -J testtest                    # job name
#SBATCH -A projxxx                     # Specify Project account which will be received after Register ** If you do not specify in this section, the job will not be able to run.

module purge                           # purge all module
source $HOME/miniconda3/

...

bin/activate myenv
module load cuDNN

srun python my_model.py 

...

Related articles