Software website : http://bio-bwa.sourceforge.net/
...
| Table of Contents |
|---|
| minLevel | 1 |
|---|
| maxLevel | 7 |
|---|
| style | circle |
|---|
|
ตัวอย่าง script ในการ submit job
1. การทำ build index
1.1 การทำงานบน compute node
...
2. การทำ mapping
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash
#SBATCH -p memory
#SBATCH -N 1 -c 48
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH -J BWAjob
#SBATCH -A projxxxx
module purge
module load BWA/0.7.17-intel-2019b
bwa mem -t $SLURM_CPUS_PER_TASK ref.fa reads.fq > aln-se.sam |
ตัวอย่างด้านบนจะเรียกใช้งานทรัพยากรจำนวน 1 node (-N 1) ใช้ 48 cores (-c 48) และในส่วนของ bwa mem กำหนดจำนวน threads ให้เท่ากับจำนวน cores ที่เรียกใช้ (-t $SLURM_CPUS_PER_TASK)
...
Related articles
| Filter by label (Content by label) |
|---|
| showLabels | false |
|---|
| max | 5 |
|---|
| spaces | com.atlassian.confluence.content.render.xhtml.model.resource.identifiers.SpaceResourceIdentifier@48ae393 |
|---|
| showSpace | false |
|---|
| sort | modified |
|---|
| showSpacetype | falsepage |
|---|
| reverse | true |
|---|
| typelabels | pagesingularity python container |
|---|
| cql | label in ( "alignment" , "pairwise" ) and type = "page" and space = "UG" | labels | singularity python container |
|---|
|