...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Things that user must KNOW/DONE before follow this instruction.
| Table of Contents | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
VASP หรือ The Vienna Ab initio Simulation Package เป็น software licenses ทางด้าน Computational Quantum Chemistry สามารถศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมได้ที่ https://www.vasp.at/*
| Note |
|---|
ผู้ใช้งานต้องทำการจัดซื้อสิทธิ์การใช้งานกับบริษัทผู้พัฒนาโปรแกรม และทำการติดตั้งโปรแกรมบนระบบ HPC ก่อนเริ่มการใช้งาน โปรดติดต่อ https://www.vasp.at/registration_form/ เพื่อจัดซื้อสิทธิ์การใช้งาน |
| Table of Contents | ||||
|---|---|---|---|---|
|
การใช้งาน VASP version 5.4.4
| Info |
|---|
หากท่านมีสิทธิ์การใช้งาน VASP version 5.4.4 เรียบร้อยแล้ว สามารถส่งหลักฐาน license agreement มายัง thaisc-support@nstda.or.th เพื่อเปิดการใช้งาน VASP module |
1. เตรียม Input
ในการใช้งานโปรแกรม VASP จะต้องมีการเตรียม input files ที่ใช้ในการรันดังนี้
INCAR
KPOINT
POSCAR
POTCAR
| Info |
|---|
ศึกษาการเตรียม input สำหรับ VASP ได้ที่ https://www.vasp.at/documentation/ |
2. การเตรียม Job submission script
2.1 การใช้งานบน compute node
ตัวอย่าง job submission script สำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 40 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง ภายใต้ project account train001 (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)
ตัวอย่าง job submission script <VASP-test.sh>
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash -l #SBATCH -p devel #specific partition #SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=40 #specific number of nodes and task per node #SBATCH -t 2:00:00 #job time limit <hr:min:sec> #SBATCH -A train001 #project name #SBATCH -J VASP-test #job name ulimit -s unlimited ##Module Load## module purge module load VASP/5.4.4-vtst-intel-2019b ##Run VASP### srun vasp_std |
2. 2 การใช้งานบน memory node
ตัวอย่าง job submission script สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้นExpand
| title | ศึกษาการใช้งานเพิ่มเติม |
|---|
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash -l
#SBATCH -p memory #specific partition
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192 #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 120:00:00 #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test #job name
#SBATCH -A train001 #project account
|
3. Job submission
ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script
| Code Block |
|---|
sbatch VASP-test.sh |
...
Related articles
| Filter by label (Content by label) | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Page Properties | ||
|---|---|---|
| ||
|