Page Comparison

...

1. conda activate base

2. conda remove gridss

3. เข้าไปที่ Path package ของ miniconda
   miniconda3/pkgs

4. Delete file และ Folder ของ gridss
   rm -rf gridss-2.1.0-0/
   rm -rf gridss-2.1.0-0.tar.bz2

5. ทำการติดตั้งอีกครั้ง
   conda install -c bioconda gridss
   conda update -c bioconda gridsgridss

File gridss.jar จะอยู่ใน path = miniconda3/pkgs/gridss-2.1.0-0/share

...

1. wget https://raw.githubusercontent.com/easybuilders/easybuild-easyconfigs/766d895a61376c86c99c2f3e3bd8e53a3caf8bcf/easybuild/easyconfigs/k/Kraken/Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

2. vi Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

   1. ปรับ toolchain ให้เป็น 2019b และปรับ dependencies ตามด้านล่างครับ

      1. toolchain = {'name': 'foss', 'version': '2019b'}

      2. dependencies = [
         ('Perl', '5.30.0'),
         # Jellyfish 1.x is required, see https://github.com/DerrickWood/kraken/issues/69
         ('Jellyfish', '2.3.0'),
         #('wget', '1.20.1'),
         ]

   2. ทดสอบรันว่าไม่ติดปัญหา

      1. ml EasyBuild

      2. ml Perl/5.30.0-GCCcore-8.3.0

      3. ml Jellyfish/2.3.0-GCC-8.3.0

      4. eb -Dr Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

   3. และทำการติดตั้งใน local modules ของเราของเราและการเรียกใช้งาน

      1. eb -r Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb

      2. mu

      3. ml Kraken/1.1-foss-2019b-Perl-5.30.0

...

1. cd ; pwd

2. git clone http://github.com/PapenfussLab/gridss/

3. cd gridss/

4. git submodule init

5. git submodule update

6. cd src/main/c/gridsstools/htslib/

7. autoheader

8. autoconf

9. ./configure && make

10. cd ..

11. autoheader

12. autoconf

13. ./configure && make all

14. cd ; pwd

15. ls -la $PWD/miniconda3/pkgs/gridss-2.12.2-h270b39a_0/share/gridss-2.12.2-0/

16. ml purge

17. ml intel SAMtools/1.10-GCC-8.3.0 HTSlib/1.10.2-GCC-8.3.0 RepeatMasker/4.0.9-p2-gompi-2019b-HMMER BCFtools/1.10.2-GCC-8.3.0 BWA/0.7.17-intel-2019b Java/11.0.2 R-bundle-Bioconductor/3.10-fosscuda-2019b-R-3.6.2

18. mu

19. ml Kraken/1.1-foss-2019b-Perl-5.30.0

20. conda activate base (environtment ที่เรามีอยู่เดิม) หรือ conda activate gridss (environtment ที่เราสร้างใหม่)

21. gridss --help

...