| Excerpt |
|---|
| hidden | true |
|---|
| name | Example 1: Run WRF |
|---|
|
ตัวอย่างการใช้งาน WRF เบื้องต้น |
การใช้งาน Weather Research and Forecasting (WRF) model เบื้องต้นมีขั้นตอนดังนี้
...
1. Prepare global model output
...
| Code Block |
|---|
|
#!/bin/bash
#SBATCH -p devel # Partition or machine type [devel/compute/memory]
#SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=54 # Number of nodes and Number of core per node
#SBATCH -t 02:00:00 # Total run time limit (hour:minute:second)
#SBATCH -J WPS_Ex1 # Job name (short)
#SBATCH -A projxxxx # Your project account *** {USER EDIT} ***
module purge
module load netCDF-Fortran/4.5.2-iimpi-2019b
module load libpng/1.6.37-GCCcore-8.3.0
module load JasPer/1.900.1-intel-2019b
export JASPERINC=$EBROOTJASPER/include
export JASPERLIB=$EBROOTJASPER/lib
ulimit -s unlimited # MUST have otherwise ERROR
srun -n4 --exclusive ./geogrid.exe & srun -n1 --exclusive ./ungrib.exe &
wait
srun -n4 --exclusive ./metgrid.exe |
| Note |
|---|
ungrid.exe ต้องรันแบบ Single processor/Serial execution เท่านั้น |
2.4 Submit WPS job
สามารถ Submit job ได้โดยใช้คำสั่ง sbatch แล้วติดตามด้วยคำสั่ง sacct หรือ squeue -u USERNAME (ใช้เวลาประมาณ 1 นาที เมื่อได้รัน)
| Code Block |
|---|
|
sbatch submitWPS.sh |
3. Run WRF
3.1 Edit ./em_real/namelist.input
ไฟล์ namelist.input ในโฟลเดอร์ em_real เป็นไฟล์ที่ควบคุมการทำงานทั้งหมดของ WRF ซึ่งต้องกำหนดวันเวลา ตำแหน่งและขนาดพื้นที่ ให้สอดคล้องกับไฟล์ ./WPS/namelist.wps พร้อมระบุ Dynamics/Physics schemes ที่ต้องการใช้งาน
| Panel |
|---|
|
| panelIconId | 1f4d8 |
|---|
panelIcon | :blue_book:# Run geogrid.exe using 4 CPU cores (-n4)
srun -n1 ./ungrib.exe # ungrib.exe MUST run in serial (-n1)
srun -n4 ./metgrid.exe # Run metgrid.exe using 4 CPU cores (-n4)
# It is more efficient to run geogrid.exe, metgrid.exe and real.exe using a few CPU cores and enough memory. |
| Note |
|---|
ungrid.exe ต้องรันแบบ Single processor/Serial execution เท่านั้น |
สามารถปรับให้ Submit WPS และ WRF พร้อมกันได้ (See Single WRF Job Submission)
2.4 Submit WPS job
สามารถ Submit job ได้โดยใช้คำสั่ง sbatch แล้วติดตามด้วยคำสั่ง sacct หรือ squeue -u USERNAME (ใช้เวลาประมาณ 1 นาที เมื่อได้รันบน Devel node)
| Code Block |
|---|
|
sbatch submitWPS.sh |
3. Run WRF
3.1 Edit ./em_real/namelist.input
ไฟล์ namelist.input ในโฟลเดอร์ em_real เป็นไฟล์ที่ควบคุมการทำงานทั้งหมดของ WRF ซึ่งต้องกำหนดวันเวลา ตำแหน่งและขนาดพื้นที่ ให้สอดคล้องกับไฟล์ ./WPS/namelist.wps พร้อมระบุ Dynamics/Physics schemes ที่ต้องการใช้งาน
| Panel |
|---|
| panelIconId | 1f4d8 |
|---|
| panelIcon | :blue_book: |
|---|
| panelIconText | 📘 |
|---|
| bgColor | #DEEBFF |
|---|
|
See also: WRF Namelist.input and Duplicate ./test/em_real |
...
| Code Block |
|---|
|
# Edit namelist.input
# in ./WRF/test/em_real or your duplicated em_real folder
# as follows while leave the others unchanged
### Time_control ###
run_days = 0,
run_hours = 12,
run_minutes = 0,
run_seconds = 0,
start_year = 2022, 2022,
start_month = 05, 05,
start_day = 19, 19,
start_hour = 00, 00,
end_year = 2022, 2022,
end_month = 05, 05,
end_day = 19, 19,
end_hour = 12, 12,
frames_per_outfile = 6, 6,
### Domains ###
time_step = 18080,
e_we = 120, 121,
e_sn = 150, 151,
e_vert = 50, 50,
dx = 36000,
dy = 36000,
grid_id = 1, 2,
parent_id = 0, 1,
i_parent_start = 1, 43,
j_parent_start = 1, 53,
### Physics ###
physics_suite = 'tropical'
### Bdy_control ###
specified = .true., .false.,
nested .true., .false.,
nested = .false., .true., |
3.2 Link met_em* from WPS
ทำการลิ้งหรือคัดลอกไฟล์ที่เตรียมจาก WPS มายังโฟลเดอร์ em_real
| Code Block |
|---|
|
ln -s Path_to_WPS/met_em* . # Path to WPS folder containing met_em files *** {USER EDIT} ***
# Link ./WPS/met_em* to ./WRF/test/em_real/ or your duplicated em_real folder |
3.3 WRF job submission script
ในการรัน WRF model จะต้องรัน real.exe ก่อน wrf.exe
Example WRF script ด้านล่างนี้ คือตัวอย่างที่ใช้ในการ Submit job บน TARA compute node (40 CPU cores) โดยสามารถคัดลอกสคริปต์นี้ได้โดยใช้คำสั่งด้านล่าง แล้วแก้ไข Project account
| Code Block |
|---|
|
cp -r /tarafs/data/project/common/WRF/Example1/submitWRF.sh . # Copy the script to your em_real directory
nano submitWRF.sh = .false., .true., |
3.2 Link met_em* from WPS
ทำการลิ้งหรือคัดลอกไฟล์ที่เตรียมจาก WPS มายังโฟลเดอร์ em_real
| Code Block |
|---|
ln -s Path_to_WPS/met_em* . # Path to WPS# folderSpecify containingyour met_emproject filesaccount *** {USER EDIT} ***
|
Example WRF script
| Code Block |
|---|
|
#!/bin/bash
#SBATCH -p compute # Partition or machine type [devel/compute/memory]
#SBATCH -N 1 # Link ./WPS/met_em* to ./WRF/test/em_real/ or your duplicated em_real folder |
3.3 WRF job submission script
ในการรัน WRF model จะต้องรัน real.exe ก่อน wrf.exe
Example WRF script ด้านล่างนี้ คือตัวอย่างที่ใช้ในการ Submit job บน TARA compute node (40 CPU cores) โดยสามารถคัดลอกสคริปต์นี้ได้โดยใช้คำสั่งด้านล่าง แล้วแก้ไข Project account
| Code Block |
|---|
cp -r /tarafs/data/project/common/WRF/Example1/submitWRF.sh . # Copy the script to your em_real directory
nano submitWRF.sh # Number of nodes
#SBATCH --ntasks-per-node=40 # Number of MPI processes per node
#SBATCH --cpus-per-task=1 # Number of OpenMP threads per MPI process
#SBATCH -t 24:00:00 # Specify your project account *** {USER EDIT} ** |
Example WRF script
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash
# Total run time limit (hour:minute:second)
#SBATCH -pJ computeWRF_Ex1 # PartitionJob or machine type [devel/compute/memory]
name (short)
#SBATCH -NA 1 --ntasks-per-node=40 # Number of nodes and Number of core per node
#SBATCH -t 24:00:00projxxxx # Your project account *** {USER EDIT} ***
module #purge
Totalmodule run time limit (hour:minute:second)
#SBATCH -J WRF_Ex1 load netCDF-Fortran/4.5.2-iimpi-2019b
module load libpng/1.6.37-GCCcore-8.3.0
module load JasPer/1.900.1-intel-2019b
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
export JASPERINC=$EBROOTJASPER/include
export JASPERLIB=$EBROOTJASPER/lib
ulimit -s unlimited # Job name (short) #SBATCH -A projxxxx # MUST have otherwise ERROR
srun -n8 ./real.exe # Your project account *** {USER EDIT} *** module purge module load netCDF-Fortran/4.5.2-iimpi-2019b
module load libpng/1.6.37-GCCcore-8.3.0
module load JasPer/1.900.1-intel-2019b
export JASPERINC=$EBROOTJASPER/include
export JASPERLIB=$EBROOTJASPER/lib
ulimit -s unlimited
srun ./real.exe & wait
srun ./wrf.exe # Run real.exe using 8 CPU cores (-n8)
srun -n${SLURM_NTASKS} -c${SLURM_CPUS_PER_TASK} ./wrf.exe
# It is more efficient to run geogrid.exe, metgrid.exe and real.exe using a few CPU cores (but enough memory). |
สามารถปรับให้ Submit WPS และ WRF พร้อมกันได้ (See Single WRF Job Submission)
3.4 Submit WRF job
สามารถ Submit job ได้โดยใช้คำสั่ง sbatch แล้วติดตามการทำงานด้วยการอ่านไฟล์ rsl.out.xxxx หรือใช้คำสั่ง sacct และ squeue -u USERNAME ตามปกติ (ใช้เวลาประมาณ 5- 10 นาที เมื่อได้รันเมื่อได้รันบน Compute node)
| Code Block |
|---|
|
sbatch submitWRF.sh
tail -F rsl.out.0000 # (Optional) see the progress |
...
Contact Us
ThaiSC support service : thaisc-support@nstda.or.th