| Excerpt | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
ตัวอย่างการใช้งาน WRF เบื้องต้น |
การใช้งาน Weather Research and Forecasting (WRF) model เบื้องต้นมีขั้นตอนดังนี้
| Table of Contents |
|---|
...
| Tip |
|---|
|
1. Prepare global model output
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/bash #SBATCH -p devel # Partition or machine type [devel/compute/memory] #SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=54 # Number of nodes and Number of core per node #SBATCH -t 02:00:00 # Total run time limit (hour:minute:second) #SBATCH -J WPS_Ex1 # Job name (short) #SBATCH -A projxxxx # Your project account *** {USER EDIT} *** module purge module load netCDF-Fortran/4.5.2-iimpi-2019b module load libpng/1.6.37-GCCcore-8.3.0 module load JasPer/1.900.1-intel-2019b export JASPERINC=$EBROOTJASPER/include export JASPERLIB=$EBROOTJASPER/lib ulimit -s unlimited # MUST have otherwise ERROR srun -n4 --exclusive ./geogrid.exe & srun -n1 --exclusive ./ungrib# Run geogrid.exe &using 4 waitCPU sruncores (-n4 ./metgrid.exe |
| Note |
|---|
ungrid.exe ต้องรันแบบ Single processor/Serial execution เท่านั้น |
สามารถปรับให้ Submit WPS และ WRF พร้อมกันได้ (See Single WRF Job Submission)
2.4 Submit WPS job
สามารถ Submit job ได้โดยใช้คำสั่ง sbatch แล้วติดตามด้วยคำสั่ง sacct หรือ squeue -u USERNAME (ใช้เวลาประมาณ 1 นาที เมื่อได้รันบน Devel node)
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
sbatch submitWPS.sh |
3. Run WRF
3.1 Edit ./em_real/namelist.input
ไฟล์ namelist.input ในโฟลเดอร์ em_real เป็นไฟล์ที่ควบคุมการทำงานทั้งหมดของ WRF ซึ่งต้องกำหนดวันเวลา ตำแหน่งและขนาดพื้นที่ ให้สอดคล้องกับไฟล์ ./WPS/namelist.wps พร้อมระบุ Dynamics/Physics schemes ที่ต้องการใช้งาน
| Panel | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
See also: WRF Namelist.input and Duplicate ./test/em_real |
สำหรับตัวอย่างนี้ ให้แก้ไขไฟล์ namelist.input ดังนี้
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
# Edit namelist.input # in ./WRF/test/em_real or your duplicated em_real folder # as follows while leave the others unchanged ### Time_control ### run_days ) srun -n1 ./ungrib.exe # ungrib.exe MUST run in serial (-n1) srun -n4 ./metgrid.exe # Run metgrid.exe using 4 CPU cores (-n4) # It is more efficient to run geogrid.exe, metgrid.exe and real.exe using a few CPU cores and enough memory. |
| Note |
|---|
ungrid.exe ต้องรันแบบ Single processor/Serial execution เท่านั้น |
สามารถปรับให้ Submit WPS และ WRF พร้อมกันได้ (See Single WRF Job Submission)
2.4 Submit WPS job
สามารถ Submit job ได้โดยใช้คำสั่ง sbatch แล้วติดตามด้วยคำสั่ง sacct หรือ squeue -u USERNAME (ใช้เวลาประมาณ 1 นาที เมื่อได้รันบน Devel node)
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
sbatch submitWPS.sh |
3. Run WRF
3.1 Edit ./em_real/namelist.input
ไฟล์ namelist.input ในโฟลเดอร์ em_real เป็นไฟล์ที่ควบคุมการทำงานทั้งหมดของ WRF ซึ่งต้องกำหนดวันเวลา ตำแหน่งและขนาดพื้นที่ ให้สอดคล้องกับไฟล์ ./WPS/namelist.wps พร้อมระบุ Dynamics/Physics schemes ที่ต้องการใช้งาน
| Panel | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
See also: WRF Namelist.input and Duplicate ./test/em_real |
สำหรับตัวอย่างนี้ ให้แก้ไขไฟล์ namelist.input ดังนี้
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
# Edit namelist.input # in ./WRF/test/em_real or your duplicated em_real folder # as follows while leave the others unchanged ### Time_control ### run_days = 0, run_hours = 12, run_minutes = 0, run_hoursseconds = 120, runstart_minutesyear = 2022, 02022, runstart_secondsmonth = 05, 005, start_yearday = 202219, 202219, start_monthhour = 0500, 0500, startend_dayyear = 192022, 192022, startend_hourmonth = 0005, 0005, end_yearday = 202219, 2022 19, end_monthhour = 0512, 0512, endframes_per_dayoutfile = 6, 6, ### Domains ### time_step = 19, 19, end_hour = 80, e_we = 12, 12, frames_per_outfile = 6, 6, ### Domains ### time_step 120, 121, e_sn = 150, = 80151, e_we vert = 12050, 12150, dx e_sn = 15036000, 151,dy e_vert = 5036000, grid_id 50, dx = 360001, dy 2, parent_id = 360000, grid_id 1, i_parent_start = 1, 243, j_parent_idstart = 1, = 053, ### Physics ### 1, i_parent_startphysics_suite = 1,'tropical' ### Bdy_control ### 43, j_parent_startspecified = 1, = 53.true., ###.false., Physics ### nested physics_suite = 'tropical' ### Bdy_control ###= specified .false., .true., |
3.2 Link met_em* from WPS
ทำการลิ้งหรือคัดลอกไฟล์ที่เตรียมจาก WPS มายังโฟลเดอร์ em_real
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
ln -s Path_to_WPS/met_em* . # Path to WPS folder containing met_em files *** {USER EDIT} *** = .true., .false., nested # Link ./WPS/met_em* = .false., .true., |
3.2 Link met_em* from WPS
...
to ./WRF/test/em_real/ or your duplicated em_real folder |
3.3 WRF job submission script
ในการรัน WRF model จะต้องรัน real.exe ก่อน wrf.exe
Example WRF script ด้านล่างนี้ คือตัวอย่างที่ใช้ในการ Submit job บน TARA compute node (40 CPU cores) โดยสามารถคัดลอกสคริปต์นี้ได้โดยใช้คำสั่งด้านล่าง แล้วแก้ไข Project account
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
lncp -s Path_to_WPS/met_em*r /tarafs/data/project/common/WRF/Example1/submitWRF.sh . # PathCopy tothe WPSscript folderto containingyour metem_emreal filesdirectory *** {USER EDIT} ***nano submitWRF.sh # Link ./WPS/met_em* to ./WRF/test/em_real/ or your duplicated em_real folder |
3.3 WRF job submission script
ในการรัน WRF model จะต้องรัน real.exe ก่อน wrf.exe
...
# Specify your project account *** {USER EDIT} ** |
Example WRF script
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
cp -r /tarafs/data/project/common/WRF/Example1/submitWRF.sh . # Copy the script to your em_real directory nano submitWRF.sh #!/bin/bash #SBATCH -p compute # Partition or machine type [devel/compute/memory] #SBATCH -N 1 # Number of nodes #SBATCH --ntasks-per-node=40 # Number of MPI processes per node #SBATCH --cpus-per-task=1 # Number of OpenMP threads per MPI process #SBATCH -t 24:00:00 # Specify your project# accountTotal *** {USER EDIT} ** |
Example WRF script
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/bashrun time limit (hour:minute:second) #SBATCH -pJ computeWRF_Ex1 # PartitionJob orname machine(short) type [devel/compute/memory] #SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=40#SBATCH -A projxxxx # Number of nodes and Number of core per node #SBATCH -t 24:00:00 # Total run time limit (hour:minute:second) #SBATCH -J WRF_Ex1 # Your project account *** {USER EDIT} *** module purge module load netCDF-Fortran/4.5.2-iimpi-2019b module load libpng/1.6.37-GCCcore-8.3.0 module load JasPer/1.900.1-intel-2019b export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK} export JASPERINC=$EBROOTJASPER/include export JASPERLIB=$EBROOTJASPER/lib ulimit -s unlimited # Job name (short)# #SBATCHMUST -Ahave projxxxxotherwise ERROR srun -n8 ./real.exe # Your project account *** {USER# EDIT} *** module purge module load netCDF-Fortran/4.5.2-iimpi-2019b module load libpng/1.6.37-GCCcore-8.3.0 module load JasPer/1.900.1-intel-2019b export JASPERINC=$EBROOTJASPER/include export JASPERLIB=$EBROOTJASPER/lib ulimit -s unlimited srun ./real.exe & wait srun ./wrf.exeRun real.exe using 8 CPU cores (-n8) srun -n${SLURM_NTASKS} -c${SLURM_CPUS_PER_TASK} ./wrf.exe # It is more efficient to run geogrid.exe, metgrid.exe and real.exe using a few CPU cores (but enough memory). |
สามารถปรับให้ Submit WPS และ WRF พร้อมกันได้ (See Single WRF Job Submission)
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
sbatch submitWRF.sh tail -F rsl.out.0000 # (Optional) see the progress |
RETURN: WRF model
...
Contact Us
ThaiSC support service : thaisc-support@nstda.or.th