...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Amber เป็น software ทางด้าน classical molecular dynamics (MD) สำหรับงานวิจัยด้าน Biochemistry
Software website : http://ambermd.org/
| Info |
|---|
ศึกษาการติดตั้งโปรแกรม AMBER ได้ที่ Amber Installation [EN] |
| Table of Contents | ||||
|---|---|---|---|---|
|
การใช้งาน Amber version 20
1. เตรียม Input
| Info |
|---|
ศึกษาการเตรียม input สำหรับ AMBER ได้ที่ https://ambermd.org/tutorials/ |
2. การเตรียม Job submission script
2.1 การใช้งานบน compute node
ตัวอย่างสำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 160 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง ภายใต้ project account projXXXX (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)
ตัวอย่าง job submission script <AMBER-test.sh>
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash -l #SBATCH --partition=compute # specific partition to computegpu node #SBATCH -N 14 --ntasks-per-node=40 # for requset 14 compute node with 40 cpu-cores #SBATCH --time=120:00:00 # job time limit <hr:min:sec> #SBATCH --account=projXXXX # change projXXXX to your project account #SBATCH --job-name=testMD module purge # purge all module module load bzip2/1.0.8-GCCcore-8.3.0 module load XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0 module load GCC/8.3.0 module load OpenMPI/3.1.4-GCC-8.3.0gcccuda-2019b WORKDIR=$SLURM_SUBMIT_DIR ###################################################### # nothing should need changed below here to run unless you do not export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src" export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src export PATH="${AMBER_PREFIX}/bin:${PATH}" # Add location of Amber Python modules to default Python search path ifcd [$AMBERHOME -z "$PYTHONPATH" ]; then export PYTHONPATH="${AMBER_PREFIX}/lib/python2.7/site-packages" else export PYTHONPATH="${AMBER_PREFIX}/lib/python2.7/site-packages:${PYTHONPATH}" fi if [ -z "${LD_LIBRARY_PATH}" ]; then export LD_LIBRARY_PATH="${AMBER_PREFIX}/lib" else export LD_LIBRARY_PATH="${AMBER_PREFIX}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}" fi source amber.sh ###################################################### cd $WORKDIR srun pmemd.MPI -O -i input.in -o md.out -p system.top -c md_2.restrt -ref md_2.restrt -r md_1.restrt -x md_1.nc -v mdvel |
| Info |
|---|
...
ต้องทำการตั้งค่า |
| Code Block |
|---|
export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0999/amber20_src"
export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0999/amber20_src |
2.2 การใช้งานบน GPU node
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=gpu # specific partition to gpu node
#SBATCH - |
...
-nodes=1 # for requset 1 compute node with 40 cpu-cores #SBATCH --time=120:00:00 # job time limit <hr:min:sec> #SBATCH --account=projXXXX # change projXXXX to your project account #SBATCH --job-name=testMD module purge # purge all module module load bzip2/1.0.8-GCCcore-8.3.0 module load XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0 module load CUDA/10.1.243-GCC-8.3.0 module load gcccuda/2019b module load OpenMPI/3.1.4-gcccuda-2019b WORKDIR=$SLURM_SUBMIT_DIR ###################################################### # nothing should need changed below here to run unless you do not export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src" export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src export PATH="${AMBER_PREFIX}/bin:${PATH}" |
...
# Add location of Amber Python modules to default Python search path
|
...
cd |
...
$AMBERHOME |
...
source amber.sh ###################################################### cd $WORKDIR srun -n 2 pmemd.cuda.MPI -O -i input.in -o md.out -p system.top -c md_2.restrt -ref md_2.restrt -r md_1.restrt -x md_1.nc -v mdvel |
...
3. Job submission
ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script
| Code Block |
|---|
sbatch AMBER-test.sh |
การวิเคราะห์ผลด้วย cpptraj
หากโครงสร้างที่ต้องการวิเคราะห์มีขนาดไม่เกิน 100,000 atoms ขอแนะนำให้ทำการวิเคราะห์ผลด้วย cpptraj บน devel node โดยใช้ 1 CPU-cores และ job time limit 2:00:00 ชั่งโมง
ตัวอย่าง job submission script <cpptraj-test.sh> สำหรับ Trajectory analysis บน compute node
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=devel # specific partition to compute node
#SBATCH --nodes=1 --ntasks-per-node=1 # for requset 1 compute node with 1 cpu-core
#SBATCH --account=projXXXX # change projXXXX to your project account
#SBATCH --time=2:00:00 # job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH --account=projXXXX # change projXXXX to your project account
#SBATCH --job-name=mmpbsa
module purge # purge all module
module load bzip2/1.0.8-GCCcore-8.3.0
module load XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0
module load GCC/8.3.0
module load OpenMPI/3.1.4-GCC-8.3.0
WORKDIR=$SLURM_SUBMIT_DIR
######################################################
# nothing should need changed below here to run unless you do not
export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src"
export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src
export PATH="${AMBER_PREFIX}/bin:${PATH}"
|
...
# Add location of Amber Python modules to default Python search path
|
...
cd |
...
$AMBERHOME |
...
source amber.sh ###################################################### cd $WORKDIR cpptraj -i rmsd.in > rmsd.out |
ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script
| Code Block |
|---|
sbatch cpptraj-test.sh |
Related articles
| Filter by label (Content by label) | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
| Page Properties | ||
|---|---|---|
| ||
|