VASP หรือ The Vienna Ab initio Simulation Package เป็น software licenses ทางด้าน Quantum Chemistry สามารถศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมได้ที่ https://www.vasp.at/

...

การใช้งาน VASP version 5.4.4

1. เตรียม Input

ในการใช้งานโปรแกรม VASP จะต้องมีการเตรียม input files ที่ใช้ในการรันดังนี้

...

2. การเตรียม Job submission script

2.1 การใช้งานบน compute node

ตัวอย่าง job submission script สำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 40 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง ภายใต้ project account train001 (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)

ตัวอย่าง job submission script <VASP-test.sh>

#!/bin/bash -l
#SBATCH -p devel                        #specific partition
#SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=40       #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 2:00:00                      #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -A train001                     #project name
#SBATCH -J VASP-test                    #job name
ulimit  -s unlimited

##Module Load##
module purge
module load VASP/5.4.4-vtst-intel-2019b        

##Run VASP###
srun vasp_std

2. 2 การใช้งานบน memory node

สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้น

#!/bin/bash -l
#SBATCH -p memory                       #specific partition
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192        #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 120:00:00                    #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test                         #job name
#SBATCH -A train001                     #project account

3. Job submission

ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script

sbatch VASP-test.sh

...

Related articles