...
conda activate base
conda remove gridss
เข้าไปที่ Path package ของ miniconda
miniconda3/pkgsDelete file และ Folder ของ gridss
rm -rf gridss-2.1.0-0/
rm -rf gridss-2.1.0-0.tar.bz2ทำการติดตั้งอีกครั้ง
conda install -c bioconda gridss
conda update -c bioconda gridsgridss
File gridss.jar จะอยู่ใน path = miniconda3/pkgs/gridss-2.1.0-0/share
...
vi Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb
ปรับ toolchain ให้เป็น 2019b และปรับ dependencies ตามด้านล่างครับ
toolchain = {'name': 'foss', 'version': '2019b'}
dependencies = [
('Perl', '5.30.0'),
# Jellyfish 1.x is required, see https://github.com/DerrickWood/kraken/issues/69
('Jellyfish', '2.3.0'),
#('wget', '1.20.1'),
]
ทดสอบรันว่าไม่ติดปัญหา
ml EasyBuild
ml Perl/5.30.0-GCCcore-8.3.0
ml PerlJellyfish/52.303.0-GCCcoreGCC-8.3.0
eb -Dr Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb
และทำการติดตั้งใน local modules ของเราของเราและการเรียกใช้งาน
eb -r Kraken-1.1-foss-2018b-Perl-5.28.0.eb
mu
ml Kraken/1.1-foss-2019b-Perl-5.30.0
...