LAMMPS หรือ Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator เป็น Open Source Software สำหรับ classical molecular dynamics code สามารถศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมได้ที่ https://www.lammps.org/
Table of Contents |
---|
minLevel | 1 |
---|
maxLevel | 7 | style | circle |
---|
|
1. เตรียม input
Info |
---|
ศึกษาการเตรียม input สำหรับ LAMMPS ได้ที่ https://lammpstutorials.github.io/ |
2. การเตรียม Job submission script
2.1 การใช้งานบน compute node
สำหรับการรันงานบน compute node
โดยใช้ 40 CPU-cores
และ job time limit 120:00:00
ชั่งโมง สำหรับ input file ชื่อ test.in
ภายใต้ project account train001
(จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)
ตัวอย่าง job submission script <LAMMPS-test.sh>
Code Block |
---|
#!/bin/bash
#SBATCH -p compute
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH -t 120:00:00
#SBATCH -J my_job
#SBATCH -A train001
module purge
module load LAMMPS
FILENAME=test
ulimit -s unlimited
cd $SLURM_SUBMIT_DIR
srun lmp -in ${FILENAME}.in
|
2.2 การใช้งานบน memory node
สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory
และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores
หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้น
Code Block |
---|
#!/bin/bash -l
#SBATCH -p memory #specific partition
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192 #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 120:00:00 #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test #job name
#SBATCH -A train001 #project account
|
3. Job submission
ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script
Code Block |
---|
sbatch LAMMPS-test.sh |
...
Related articles
Filter by label (Content by label) |
---|
showLabels | false |
---|
max | 5 |
---|
spaces | com.atlassian.confluence.content.render.xhtml.model.resource.identifiers.SpaceResourceIdentifier@48ae393 |
---|
sort | modified |
---|
showSpace | false |
---|
reverse | true |
---|
type | page |
---|
cql | label in ( "lammps" , "md_simulation" , "computational_chemistry" ) and type = "page" and space = "UG" |
---|
labels | singularity python container |
---|
|