LAMMPS [TH]
- Chompoonut Rugnim
- Viwan Jarerattanachat
LAMMPS หรือ Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator เป็น Open Source Software สำหรับ classical molecular dynamics code สามารถศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมได้ที่ https://www.lammps.org/
ขั้นตอนการใช้งาน LAMMPS
1. เตรียม input
ศึกษาการเตรียม input สำหรับ LAMMPS ได้ที่ https://lammpstutorials.github.io/
2. การเตรียม Job submission script
2.1 การใช้งานบน compute node
สำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 40 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง สำหรับ input file ชื่อ test.in ภายใต้ project account train001 (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)
ตัวอย่าง job submission script <LAMMPS-test.sh>
#!/bin/bash
#SBATCH -p compute
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH -t 120:00:00
#SBATCH -J my_job
#SBATCH -A train001
module purge
module load LAMMPS
FILENAME=test
ulimit -s unlimited
cd $SLURM_SUBMIT_DIR
srun lmp -in ${FILENAME}.in
2.2 การใช้งานบน memory node
สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้น
#!/bin/bash -l
#SBATCH -p memory #specific partition
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192 #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 120:00:00 #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test #job name
#SBATCH -A train001 #project account
3. Job submission
ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script
sbatch LAMMPS-test.sh