LAMMPS หรือ Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator เป็น Open Source Software สำหรับ classical molecular dynamics code สามารถศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมได้ที่ https://www.lammps.org/

ขั้นตอนการใช้งาน LAMMPS

1. เตรียม input

2. การเตรียม Job submission script

2.1 การใช้งานบน compute node

สำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 40 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง สำหรับ input file ชื่อ test.in ภายใต้ project account train001 (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)

ตัวอย่าง job submission script <LAMMPS-test.sh>

#!/bin/bash
#SBATCH -p compute
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH -t 120:00:00
#SBATCH -J my_job
#SBATCH -A train001

module purge
module load LAMMPS

FILENAME=test

ulimit -s unlimited

cd $SLURM_SUBMIT_DIR

srun lmp -in ${FILENAME}.in

2.2 การใช้งานบน memory node

สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้น

#!/bin/bash -l
#SBATCH -p memory                       #specific partition
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192        #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 120:00:00                    #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test                         #job name
#SBATCH -A train001                     #project account

3. Job submission

ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script

sbatch LAMMPS-test.sh

...

Related articles