Page Comparison

Excerpt

hidden	true
name	Example 1: Run WRF

ตัวอย่างการใช้งาน WRF เบื้องต้น

การใช้งาน Weather Research and Forecasting (WRF) model เบื้องต้นมีขั้นตอนดังนี้

Table of Contents

...

Tip
ต้องลง WRF เรียบร้อยแล้ว ต้องลง WPS เรียบร้อยแล้ว ต้องดาวน์โหลด Geography data for WPS geogrid.exe เรียบร้อยแล้ว ต้องลง NCL เรียบร้อยแล้ว (สำหรับหัวข้อ 2.2)

1. Prepare global model output

...

Code Block

language	bash

./link_grib.csh Path_to_your_data      # Path to the folder containing the GFS data *** {USER INPUTEDIT} ***

Note

Common mistake

Setting path to the wrong folder
The folder contains some unrelated files or files from other models

...

ไฟล์ namelist.wps ในโฟลเดอร์ WPS เป็นไฟล์ที่ควบคุมการทำงานหลักของ WPS ซึ่งกำหนดวันเวลา ตำแหน่งและขนาดพื้นที่ที่ WRF model จำลอง

สำหรับตัวอย่างนี้ ให้แก้ไขไฟล์ namelist.wps ดังนี้

# Edit namelist.wps

Code Block

language	text

Panel

panelIconId	1f4d8
panelIcon	:blue_book:
panelIconText	📘
bgColor	#DEEBFF

2.2 Check domains (2.2 Check domains (Optional, require NCL6.2 or later)

...

Code Block

language	bash

cp -r /tarafs/data/project/common/WRF/Example1/submitWPS.sh .   # Copy the script to WPS directory
nano submitWPS.sh                               # Specify your project account *** {USER INPUTEDIT} **

Example WPS script

Code Block

language	bash

#!/bin/bash

#SBATCH -p devel                    # Partition or machine type [devel/compute/$memory]
#SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=54    # Number of nodes and Number of core per no$node
#SBATCH -t 02:00:00                 # Total run time limit (hour: minute: secon$second)
#SBATCH -J WPS_Ex1                  # Job name (short)
#SBATCH -A projxxxx                 # Your project account *** {USER INPUTEDIT} ***

module purge
module load netCDF-Fortran/4.5.2-iimpi-2019b
module load libpng/1.6.37-GCCcore-8.3.0
module load JasPer/1.900.1-intel-2019b

export JASPERINC=$EBROOTJASPER/include
export JASPERLIB=$EBROOTJASPER/lib

ulimit -s unlimited         # MUST have otherwise ERROR

srun -n4 --exclusive ./geogrid.exe &    srun -n1 --exclusive ./ungrib.exe &
wait
srun -n4 --exclusive ./metgrid.exe

Note
ungrid.exe ต้องรันแบบ Single processor/Serial execution เท่านั้น

สามารถรวม Job submission script ของ WPS และ WRF เพื่อ Submit job เพียงครั้งเดียวได้

2.4 Submit WPS job

สามารถ Submit job ได้โดยใช้คำสั่ง sbatch แล้วติดตามด้วยคำสั่ง sacct หรือ squeue -u USERNAME

Code Block

language	bash

sbatch submitWPS.sh

3. Run WRF

3.1 Edit ./em_real/namelist.input

ไฟล์ namelist.input ในโฟลเดอร์ em_real เป็นไฟล์ที่ควบคุมการทำงานทั้งหมดของ WRF ซึ่งต้องกำหนดวันเวลา ตำแหน่งและขนาดพื้นที่ ให้สอดคล้องกับไฟล์ ./WPS/namelist.wps

ในไฟล์ namelist.input จะเพิ่มการ

สำหรับตัวอย่างนี้ ให้แก้ไขไฟล์ namelist.input ดังนี้

Code Block

language	text

  run_days             # Run geogrid.exe using 4 CPU cores (-n4)  
srun -n1 ./ungrib.exe       # ungrib.exe MUST run in serial (-n1)
srun -n4 ./metgrid.exe      # Run metgrid.exe using 4 CPU cores	(-n4)

# It is more efficient to run geogrid.exe, metgrid.exe and real.exe using a few CPU cores and enough memory.

Note
ungrid.exe ต้องรันแบบ Single processor/Serial execution เท่านั้น

สามารถปรับให้ Submit WPS และ WRF พร้อมกันได้ (See Single WRF Job Submission)

2.4 Submit WPS job

สามารถ Submit job ได้โดยใช้คำสั่ง sbatch แล้วติดตามด้วยคำสั่ง sacct หรือ squeue -u USERNAME (ใช้เวลาประมาณ 1 นาที เมื่อได้รันบน Devel node)

Code Block

language	bash

sbatch submitWPS.sh

3. Run WRF

3.1 Edit ./em_real/namelist.input

ไฟล์ namelist.input ในโฟลเดอร์ em_real เป็นไฟล์ที่ควบคุมการทำงานทั้งหมดของ WRF ซึ่งต้องกำหนดวันเวลา ตำแหน่งและขนาดพื้นที่ ให้สอดคล้องกับไฟล์ ./WPS/namelist.wps พร้อมระบุ Dynamics/Physics schemes ที่ต้องการใช้งาน

Panel

panelIconId	1f4d8
panelIcon	:blue_book:
panelIconText	📘
bgColor	#DEEBFF

สำหรับตัวอย่างนี้ ให้แก้ไขไฟล์ namelist.input ดังนี้

Code Block

language	text

# Edit namelist.input 
# in ./WRF/test/em_real or your duplicated em_real folder
# as follows while leave the others unchanged

### Time_control ###
  run_days                            = 0,
  run_hours                           = 12,
  run_minutes                         = 0,
  run_seconds                         = 0,
  start_year                          = 2022, 2022,
  start_month                         = 05,   05,
  start_day                           = 19,   19,
  start_hour                          = 0,
  run_hours 00,   00,
  end_year                            = 2022, 2022,
  end_month                           = 05,  = 1205,
  run_minutesend_day                             = 19,   019,
  run_secondsend_hour                            = 12,   012,
  startframes_per_yearoutfile                  = 6, 6,

### Domains ###
 = 2022, 2022,
 time_step  start_month                         = 0580,
  e_we  05,   start_day                           = 19120,    19121,
  start_houre_sn                                = 00150,    00151, 
  ende_yearvert                              = 2022, 2022, 50,     50,
  dx       end_month                           = 0536000,
  09,dy   end_day                             = 06, =  0636000,
  endgrid_hourid                             = 001,    00 2,
  frames_per_outfileparent_id                           = 60, 6,    time_step1,
    i_parent_start                      = 901,  time_step_fract_num   43,
  j_parent_start           = 0,  time_step_fract_den        = 1,     53,

### Physics =###
1,  maxphysics_domsuite                       = 'tropical'

### Bdy_control ###
  =specified 2,  e_we                        = .true.,  .false.,
  nested  = 120,    121,  e_sn                     = .false.,  .true.,

**3.2 Link met_em* from WPS**

ทำการลิ้งหรือคัดลอกไฟล์ที่เตรียมจาก WPS มายังโฟลเดอร์ em_real

Code Block

language	bash

ln -s Path_to_WPS/met_em* .   # Path =to 150,WPS folder containing met_em 151,files  e_vert  *** {USER EDIT} *** 
                          = 34,   #  34,
 dzstretch_s                         = 1.1 
 p_top_requestedLink ./WPS/met_em* to ./WRF/test/em_real/ or your duplicated em_real folder

3.3 WRF job submission script

ในการรัน WRF model จะต้องรัน real.exe ก่อน wrf.exe

Example WRF script ด้านล่างนี้ คือตัวอย่างที่ใช้ในการ Submit job บน TARA compute node (40 CPU cores) โดยสามารถคัดลอกสคริปต์นี้ได้โดยใช้คำสั่งด้านล่าง แล้วแก้ไข Project account

Code Block

language	bash

cp -r /tarafs/data/project/common/WRF/Example1/submitWRF.sh .   # Copy the script to your em_real directory
nano submitWRF.sh                        = 5000,
 num_metgrid_levels             # Specify your project account = 34,
 num_metgrid_soil_levels   *** {USER EDIT} **

Example WRF script

Code Block

language	bash

#!/bin/bash
#SBATCH -p compute          = 4,  dx     # Partition or machine type [devel/compute/memory]
#SBATCH -N 1                     = 36000,  dy# Number of  nodes
#SBATCH --ntasks-per-node=40        # Number of MPI processes per node
#SBATCH --cpus-per-task=1           # =Number 36000,of OpenMP grid_idthreads per MPI process
#SBATCH -t 24:00:00                 # Total run time limit  = 1, (hour:minute:second)
#SBATCH -J WRF_Ex1    2,  parent_id            # Job name (short)
#SBATCH -A projxxxx         = 0,     1,  i_parent_start# Your project account *** {USER EDIT} ***

module purge
module load netCDF-Fortran/4.5.2-iimpi-2019b
module load libpng/1.6.37-GCCcore-8.3.0
module load JasPer/1.900.1-intel-2019b

export OMP_NUM_THREADS= 1,     43,
 j_parent_start    ${SLURM_CPUS_PER_TASK}
export JASPERINC=$EBROOTJASPER/include
export JASPERLIB=$EBROOTJASPER/lib

ulimit -s unlimited                 # =MUST 1,have otherwise ERROR

 53,

Panel

panelIconId	1f4d8
panelIcon	:blue_book:
panelIconText	📘
bgColor	#DEEBFF

3.2 WRF job submission script

Code Block

#!/bin/bash

#SBATCH -p devel
#SBATCH -N 1  --ntasks-per-node=40
#SBATCH -t 02:00:00
#SBATCH -J WRF
#SBATCH -A thaisc

module purge

module load HDF5/1.10.5-iimpi-2019b
module load JasPer/1.900.1-intel-2019b
module load libpng/1.6.37-GCCcore-10.3.0

export JASPERINC=$EBROOTJASPER/include
export JASPERLIB=$EBROOTJASPER/lib

export NETCDF=/tarafs/data/project/thaisc/skanoksi/Libraries/NET$export LD_LIBRARY_PATH=${NETCDF}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export PATH=${NETCDF}/bin:${PATH}

ulimit -s unlimited

srun ./real.exe &
wait
srun ./wrf.exe

...

srun -n8 ./real.exe                 # Run real.exe using 8 CPU cores (-n8)
srun -n${SLURM_NTASKS} -c${SLURM_CPUS_PER_TASK} ./wrf.exe

# It is more efficient to run geogrid.exe, metgrid.exe and real.exe using a few CPU cores (but enough memory).

สามารถปรับให้ Submit WPS และ WRF พร้อมกันได้ (See Single WRF Job Submission)

3.4 Submit WRF job

สามารถ Submit job ได้โดยใช้คำสั่ง sbatch แล้วติดตามการทำงานด้วยการอ่านไฟล์ rsl.out.xxxx หรือใช้คำสั่ง sacct และ squeue -u USERNAME ตามปกติ (ใช้เวลาประมาณ 10 นาที เมื่อได้รันบน Compute node)

Code Block

language	bash

sbatch submitWRF.sh
tail -F rsl.out.0000        # (Optional) see the progress

RETURN: WRF model

...

Contact Us
ThaiSC support service : thaisc-support@nstda.or.th

Versions Compared

Old Version 9

New Version Current

Key

1. Prepare global model output

2.2 Check domains (2.2 Check domains (Optional, require NCL6.2 or later)

2.4 Submit WPS job

3. Run WRF

3.1 Edit ./em_real/namelist.input

2.4 Submit WPS job

3. Run WRF

3.1 Edit ./em_real/namelist.input

**3.2 Link met_em* from WPS**

3.3 WRF job submission script

3.2 WRF job submission script

3.4 Submit WRF job

RETURN: WRF model