Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

Amber เป็น software ทางด้าน classical molecular dynamics (MD) สำหรับงานวิจัยด้าน Biochemistry

...

Table of Contents
minLevel1
maxLevel7indent15px

การใช้งาน Amber version 20

1. เตรียม Input

Info

ศึกษาการเตรียม input สำหรับ AMBER ได้ที่ https://ambermd.org/tutorials/

...

ตัวอย่างสำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 160 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง ภายใต้ project account projXXXX (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)

ตัวอย่าง job submission script <AMBER-test.sh>

...

Code Block
sbatch AMBER-test.sh

การวิเคราะห์ผลด้วย cpptraj

หากโครงสร้างที่ต้องการวิเคราะห์มีขนาดไม่เกิน 100,000 atoms ขอแนะนำให้ทำการวิเคราะห์ผลด้วย cpptraj บน devel node โดยใช้ 1 CPU-cores และ job time limit 2:00:00 ชั่งโมง

...

Filter by label (Content by label)
showLabelsfalse
max5
spacescom.atlassian.confluence.content.render.xhtml.model.resource.identifiers.SpaceResourceIdentifier@48ae393
sorttitle
showSpacefalse
typepage
cqllabel in ( "amber" , "md_simulation" ) and type = "page" and space = "UG" and title !~ "\"Amber [TH]\""
labelsamber
Page Properties
hiddentrue

Related issues