Things that user must KNOW/DONE before follow this instruction.
VASP หรือ The Vienna Ab initio Simulation Package เป็น software licenses ทางด้าน Computational Chemistry สามารถศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมได้ที่ https://www.vasp.at/
*ผู้ใช้งานต้องทำการจัดซื้อสิทธิ์การใช้งานกับบริษัทผู้พัฒนาโปรแกรม และทำการติดตั้งโปรแกรมบนระบบ HPC ก่อนเริ่มการใช้งาน โปรดติดต่อ https://www.vasp.at/registration_form/ เพื่อจัดซื้อสิทธิ์การใช้งาน
การใช้งาน VASP version 5.4.4
หากท่านมีสิทธิ์การใช้งาน VASP version 5.4.4 เรียบร้อยแล้ว สามารถส่งหลักฐาน license agreement มายัง thaisc-support@nstda.or.th เพื่อเปิดการใช้งาน VASP module
1. เตรียม Input
1.1 INCAR
ตัวอย่างไฟล์ INCAR
SYSTEM = vasp_vtst-O3-AVX512-no_omp-intel-2019b ENCUT = 400 PREC = Normal LREAL = Auto EDIFFG = -0.02 EDIFF = 1E-5 NSW = 0 IBRION = 2 ISIF = 2 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.1 ISPIN = 2 ALGO = Fast ISTART = 1 NCORE = 40 IVDW = 11 VDW_S6 = 1.0 VDW_S8 = 0.722 VDW_SR = 1.217
1.2 KPOINT
ตัวอย่างไฟล์ KPOINTS
Automatic mesh 0 Monk 3 3 1 0 0 0
1.3 POSCAR
ตัวอย่างไฟล์ POSCAR
vasp_vtst-O3-AVX512-no_omp-intel-2019b
1.0
16.0846004486 0.0000000000 0.0000000000
8.0422717651 21.1232180965 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 22.1886997223
P Mo C O H
50 75 4 1 8
Selective dynamics
Direct
0.157609999 0.087520003 0.138919994 T T T
0.015850000 0.171069995 0.042390000 F F F
0.357609987 0.087520003 0.138919994 T T T
0.215849996 0.171069995 0.042390000 F F F
0.557609975 0.087520003 0.138919994 T T T
0.415850013 0.171069995 0.042390000 F F F
0.757610023 0.087520003 0.138919994 T T T
0.615849972 0.171069995 0.042390000 F F F
0.957610011 0.087520003 0.138919994 T T T
0.815850019 0.171069995 0.042390000 F F F
0.157609999 0.287519991 0.138919994 T T T
0.015850000 0.371069998 0.042390000 F F F
0.357609987 0.287519991 0.138919994 T T T
0.215849996 0.371069998 0.042390000 F F F
0.557609975 0.287519991 0.138919994 T T T
0.415850013 0.371069998 0.042390000 F F F
0.757610023 0.287519991 0.138919994 T T T
0.615849972 0.371069998 0.042390000 F F F
0.957610011 0.287519991 0.138919994 T T T
0.815850019 0.371069998 0.042390000 F F F
0.157609999 0.487520009 0.138919994 T T T
0.015850000 0.571070015 0.042390000 F F F
0.357609987 0.487520009 0.138919994 T T T
0.215849996 0.571070015 0.042390000 F F F
0.557609975 0.487520009 0.138919994 T T T
0.415850013 0.571070015 0.042390000 F F F
0.757610023 0.487520009 0.138919994 T T T
0.615849972 0.571070015 0.042390000 F F F
0.957610011 0.487520009 0.138919994 T T T
0.815850019 0.571070015 0.042390000 F F F
0.157609999 0.687520027 0.138919994 T T T
0.015850000 0.771070004 0.042390000 F F F
0.357609987 0.687520027 0.138919994 T T T
0.215849996 0.771070004 0.042390000 F F F
0.557609975 0.687520027 0.138919994 T T T
0.415850013 0.771070004 0.042390000 F F F
0.757610023 0.687520027 0.138919994 T T T
0.615849972 0.771070004 0.042390000 F F F
0.957610011 0.687520027 0.138919994 T T T
0.815850019 0.771070004 0.042390000 F F F
0.157609999 0.887520015 0.138919994 T T T
0.015850000 0.971069992 0.042390000 F F F
0.357609987 0.887520015 0.138919994 T T T
0.215849996 0.971069992 0.042390000 F F F
0.557609975 0.887520015 0.138919994 T T T
0.415850013 0.971069992 0.042390000 F F F
0.757610023 0.887520015 0.138919994 T T T
0.615849972 0.971069992 0.042390000 F F F
0.957610011 0.887520015 0.138919994 T T T
0.815850019 0.971069992 0.042390000 F F F
0.032540001 0.137669995 0.197390005 T T T
0.100110002 0.202559993 0.119479999 T T T
0.158600003 0.085570000 0.026660001 F F F
0.232539997 0.137669995 0.197390005 T T T
0.300110012 0.202559993 0.119479999 T T T
0.358599991 0.085570000 0.026660001 F F F
0.432539999 0.137669995 0.197390005 T T T
0.500109971 0.202559993 0.119479999 T T T
0.558600008 0.085570000 0.026660001 F F F
0.632539988 0.137669995 0.197390005 T T T
0.700110018 0.202559993 0.119479999 T T T
0.758599997 0.085570000 0.026660001 F F F
0.832539976 0.137669995 0.197390005 T T T
0.900110006 0.202559993 0.119479999 T T T
0.958599985 0.085570000 0.026660001 F F F
0.032540001 0.337669998 0.197390005 T T T
0.100110002 0.402559996 0.119479999 T T T
0.158600003 0.285569996 0.026660001 F F F
0.232539997 0.337669998 0.197390005 T T T
0.300110012 0.402559996 0.119479999 T T T
0.358599991 0.285569996 0.026660001 F F F
0.432539999 0.337669998 0.197390005 T T T
0.500109971 0.402559996 0.119479999 T T T
0.558600008 0.285569996 0.026660001 F F F
0.632539988 0.337669998 0.197390005 T T T
0.700110018 0.402559996 0.119479999 T T T
0.758599997 0.285569996 0.026660001 F F F
0.832539976 0.337669998 0.197390005 T T T
0.900110006 0.402559996 0.119479999 T T T
0.958599985 0.285569996 0.026660001 F F F
0.032540001 0.537670016 0.197390005 T T T
0.100110002 0.602559984 0.119479999 T T T
0.158600003 0.485570014 0.026660001 F F F
0.232539997 0.537670016 0.197390005 T T T
0.300110012 0.602559984 0.119479999 T T T
0.358599991 0.485570014 0.026660001 F F F
0.432539999 0.537670016 0.197390005 T T T
0.500109971 0.602559984 0.119479999 T T T
0.558600008 0.485570014 0.026660001 F F F
0.632539988 0.537670016 0.197390005 T T T
0.700110018 0.602559984 0.119479999 T T T
0.758599997 0.485570014 0.026660001 F F F
0.832539976 0.537670016 0.197390005 T T T
0.900110006 0.602559984 0.119479999 T T T
0.958599985 0.485570014 0.026660001 F F F
0.032540001 0.737670004 0.197390005 T T T
0.100110002 0.802559972 0.119479999 T T T
0.158600003 0.685570002 0.026660001 F F F
0.232539997 0.737670004 0.197390005 T T T
0.300110012 0.802559972 0.119479999 T T T
0.358599991 0.685570002 0.026660001 F F F
0.432539999 0.737670004 0.197390005 T T T
0.500109971 0.802559972 0.119479999 T T T
0.558600008 0.685570002 0.026660001 F F F
0.632539988 0.737670004 0.197390005 T T T
0.700110018 0.802559972 0.119479999 T T T
0.758599997 0.685570002 0.026660001 F F F
0.832539976 0.737670004 0.197390005 T T T
0.900110006 0.802559972 0.119479999 T T T
0.958599985 0.685570002 0.026660001 F F F
0.032540001 0.937669992 0.197390005 T T T
0.100110002 0.002560000 0.119479999 T T T
0.158600003 0.885569990 0.026660001 F F F
0.232539997 0.937669992 0.197390005 T T T
0.300110012 0.002560000 0.119479999 T T T
0.358599991 0.885569990 0.026660001 F F F
0.432539999 0.937669992 0.197390005 T T T
0.500109971 0.002560000 0.119479999 T T T
0.558600008 0.885569990 0.026660001 F F F
0.632539988 0.937669992 0.197390005 T T T
0.700110018 0.002560000 0.119479999 T T T
0.758599997 0.885569990 0.026660001 F F F
0.832539976 0.937669992 0.197390005 T T T
0.900110006 0.002560000 0.119479999 T T T
0.958599985 0.885569990 0.026660001 F F F
0.421649992 0.566209972 0.343809992 T T T
0.420340002 0.538100004 0.405119985 T T T
0.431340009 0.468300015 0.405609995 T T T
0.436720014 0.441780001 0.469399989 T T T
0.435889989 0.536620021 0.296590000 T T T
0.408760011 0.618439972 0.343730003 T T T
0.358009994 0.567820013 0.427599996 T T T
0.473369986 0.546729982 0.431629986 T T T
0.491349995 0.441320002 0.379819989 T T T
0.375360012 0.462370008 0.380910009 T T T
0.376569986 0.467449993 0.495719999 T T T
0.494139999 0.445549995 0.493999988 T T T
0.444029987 0.391530007 0.468739986 T T T
1.4 POTCAR
POTCAR คือ ไฟล์ที่รวบรวม pseudopotential ตามลำดับอะตอมที่ระบุไว้ใน POSCAR and the INCAR
ศึกษาการเตรียม POTCAR ได้ที่ https://www.vasp.at/wiki/index.php/POTCAR
2. การเตรียม Job submission script
2.1 การใช้งานบน compute node
ตัวอย่าง job submission script สำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 40 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง ภายใต้ project account train001 (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)
ตัวอย่าง job submission script <VASP-test.sh>
#!/bin/bash -l #SBATCH -p devel #specific partition #SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=40 #specific number of nodes and task per node #SBATCH -t 2:00:00 #job time limit <hr:min:sec> #SBATCH -A train001 #project name #SBATCH -J VASP-test #job name ulimit -s unlimited ##Module Load## module purge module load VASP/5.4.4-vtst-intel-2019b ##Run VASP### srun vasp_std
2. 2 การใช้งานบน memory node
สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้น
#!/bin/bash -l #SBATCH -p memory #specific partition #SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192 #specific number of nodes and task per node #SBATCH -t 120:00:00 #job time limit <hr:min:sec> #SBATCH -J test #job name #SBATCH -A train001 #project account
3. Job submission
ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script
sbatch VASP-test.sh
Related articles
Filter by label
There are no items with the selected labels at this time.