Things that user must KNOW/DONE before follow this instruction.

QuantumESPRESSO เป็น Open Source Software ทางด้าน Quantum Chemistry สามารถศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมได้ที่ ORCA

ขั้นตอนการใช้งาน ORCA version 4.2.1

1. เตรียม input

สามารถศึกษาตัวอย่างเตรียม input ได้ที่ https://www.orcasoftware.de/tutorials_orca/first_steps/first_calc.html

2. การเตรียม Job submission script

2.1 การใช้งานบน compute node

สำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 40 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง สำหรับ input file ชื่อ test.inp ภายใต้ project account train001 (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)

ตัวอย่าง job submission script <orca-test.sh>

#!/bin/bash -l
#SBATCH -p devel                        #specific partition
#SBATCH -N 1 --ntasks-per-node=40       #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 1:00:00                      #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test-orca                    #job name
#SBATCH -A train001                     #project name

module purge                            #purge all module
module load foss/2019b
module load ORCA/4.2.1-gompi-2019b

export ORCA_DIR=/tarafs/utils/modules/software/ORCA/4.2.1-gompi-2019b/
export PATH=$PATH:$ORCA_DIR

######################################################
## indicat your input filename.inp below
FILENAME=test

## RUN ORCA ####

cp $SLURM_SUBMIT_DIR/${FILENAME}.inp $SLURM_TMPDIR/
cd $SLURM_TMPDIR

$ORCA_DIR/orca ${FILENAME}.inp > $SLURM_SUBMIT_DIR/${FILENAME}.out

cp *.* $SLURM_SUBMIT_DIR

2.2 การใช้งานบน memory node

สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้น

#!/bin/bash -l
#SBATCH -p memory                       #specific partition
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192        #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 120:00:00                    #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test                         #job name
#SBATCH -A train001                     #project account

3. Job submission

ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script

sbatch orca-test.sh