การติดตั้ง Singularity ลง Linux machine ของท่าน
- Apivadee Piyatumrong
การติดตั้ง Singularity 3.x ลงบน local linux machine ของท่าน
แนะนำติดตั้ง Singularity ตาม the official guide https://sylabs.io/guides/3.5/user-guide/quick_start.html
หลีกเลี่ยงการใช้ apt-get หรือ yum ซึ่งจะได้เวอร์ชั่นที่ต่ำกว่า 3.x ค่อนข้างมากและไม่ fully compatible กับ Singularity 3.4 และ 3.3 ที่ถูกติดตั้งอยู่บน TARA
ซึ่งคำแนะนำนี้อาจได้รับการปรับเปลี่ยนในอนาคตขึ้นกับ version ที่ถูกติดตั้งบน HPC system
วิธีการตรวจสอบ version ของซอฟแวร์บน HPC system (TARA)
บน TARA-frontend-node สามารถตรวจสอบว่าคลัสเตอร์มีการติดตั้งซอฟแวร์ใดให้ใช้งานได้ด้วยคำสั่ง
$ module avail
$ module avail
------------------------- /tarafs/utils/modules/modules/all -------------------------- ANSYS/2020.1 ARAGORN/1.2.38-foss-2019b AUGUSTUS/3.3.3-foss-2019b Advisor/2019_update5 Autoconf/2.69-GCCcore-8.3.0 Autoconf/2.69-GCCcore-10.2.0 Autoconf/2.69 (D) … |
|---|
2. หากต้องการจำเพาะเจาะจงชื่อซอฟแวร์เพื่อตรวจสอบเวอร์ชั่น ดังเช่นกรณีนี้ต้องการทราบเวอร์ชั่นของ Singularity บน HPC system TARA
$ module avail Singularity
$ module avail singularity ------------------------- /tarafs/utils/modules/modules/all -------------------------- Singularity/3.3.0 Singularity/3.4.2 (D)
Where: D: Default Module
Use "module spider" to find all possible modules. Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of the "keys". |
|---|
ซึ่งปัจจุบัน (เข้าถึงระบบเมื่อ 23/07/2021) Singularity บน TARA มีสองเวอร์ชั่นคือ 3.3.0 และ 3.4.2 (D) ซึ่ง (D) คือการระบุว่าเป็น default version