Amber เป็น software ทางด้าน classical molecular dynamics (MD) สำหรับงานวิจัยด้าน Biochemistry

Software website : http://ambermd.org/

ศึกษาการติดตั้งโปรแกรม AMBER ได้ที่ Amber Installation [EN]

การใช้งาน Amber version 20

1. เตรียม Input

ศึกษาการเตรียม input สำหรับ AMBER ได้ที่ https://ambermd.org/tutorials/

2. การเตรียม Job submission script

2.1 การใช้งานบน compute node

ตัวอย่างสำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 160 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง ภายใต้ project account projXXXX (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)

ตัวอย่าง job submission script <AMBER-test.sh>

#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=compute             # specific partition to gpu node
#SBATCH -N 4 --ntasks-per-node=40       # for requset 4 compute node with 40 cpu-cores
#SBATCH --time=120:00:00                # job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH --account=projXXXX              # change projXXXX  to your project account
#SBATCH --job-name=testMD

module purge                            # purge all module
module load bzip2/1.0.8-GCCcore-8.3.0
module load XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0
module load GCC/8.3.0
module load OpenMPI/3.1.4-gcccuda-2019b

WORKDIR=$SLURM_SUBMIT_DIR
######################################################
# nothing should need changed below here to run unless you do not
export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src"
export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src
export PATH="${AMBER_PREFIX}/bin:${PATH}"
# Add location of Amber Python modules to default Python search path
cd $AMBERHOME
source amber.sh
######################################################
cd $WORKDIR

srun pmemd.MPI -O -i input.in -o md.out -p system.top -c md_2.restrt -ref md_2.restrt -r md_1.restrt -x md_1.nc -v mdvel

ต้องทำการตั้งค่า AMBER_PREFIX และ AMBERHOME ให้ตรงกับ location ของโปรแกรม Amber ที่ท่านได้ทำการติดตั้ง เช่น หากติดตั้งที่ /tarafs/data/project/proj0999/amber20_src จะต้องระบุดังข้อมูลด้านล่าง

export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0999/amber20_src"
export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0999/amber20_src

2.2 การใช้งานบน GPU node

#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=gpu                 # specific partition to gpu node
#SBATCH --nodes=1                       # for requset 1 compute node with 40 cpu-cores
#SBATCH --time=120:00:00                # job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH --account=projXXXX              # change projXXXX  to your project account
#SBATCH --job-name=testMD

module purge                            # purge all module
module load bzip2/1.0.8-GCCcore-8.3.0
module load XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0
module load CUDA/10.1.243-GCC-8.3.0
module load gcccuda/2019b
module load OpenMPI/3.1.4-gcccuda-2019b

WORKDIR=$SLURM_SUBMIT_DIR
######################################################
# nothing should need changed below here to run unless you do not
export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src"
export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src
export PATH="${AMBER_PREFIX}/bin:${PATH}"
# Add location of Amber Python modules to default Python search path
cd $AMBERHOME
source amber.sh
######################################################
cd $WORKDIR

srun -n 2 pmemd.cuda.MPI -O -i input.in -o md.out -p system.top -c md_2.restrt -ref md_2.restrt -r md_1.restrt -x md_1.nc -v mdvel

3. Job submission

ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script

sbatch AMBER-test.sh

การวิเคราะห์ผลด้วย cpptraj

หากโครงสร้างที่ต้องการวิเคราะห์มีขนาดไม่เกิน 100,000 atoms ขอแนะนำให้ทำการวิเคราะห์ผลด้วย cpptraj บน devel node โดยใช้ 1 CPU-cores และ job time limit 2:00:00 ชั่งโมง

ตัวอย่าง job submission script <cpptraj-test.sh> สำหรับ Trajectory analysis บน compute node

#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=devel               # specific partition to compute node
#SBATCH --nodes=1 --ntasks-per-node=1   # for requset 1 compute node with 1 cpu-core
#SBATCH --account=projXXXX              # change projXXXX  to your project account
#SBATCH --time=2:00:00                  # job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH --account=projXXXX              # change projXXXX  to your project account
#SBATCH --job-name=mmpbsa

module purge                            # purge all module
module load bzip2/1.0.8-GCCcore-8.3.0
module load XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0
module load GCC/8.3.0
module load OpenMPI/3.1.4-GCC-8.3.0

WORKDIR=$SLURM_SUBMIT_DIR
######################################################
# nothing should need changed below here to run unless you do not
export AMBER_PREFIX="/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src"
export AMBERHOME=/tarafs/data/project/proj0XXXX/amber20_src
export PATH="${AMBER_PREFIX}/bin:${PATH}"
# Add location of Amber Python modules to default Python search path
cd $AMBERHOME
source amber.sh

######################################################
cd $WORKDIR

cpptraj -i  rmsd.in   >  rmsd.out