BWA [TH]
- Viwan Jarerattanachat
Owned by Viwan Jarerattanachat, created
Software website : http://bio-bwa.sourceforge.net/
GitHub : https://github.com/lh3/bwa
ตัวอย่าง script ในการ submit job
1. การทำ build index
1.1 การทำงานบน compute node
#!/bin/bash
#SBATCH -p compute
#SBATCH -N 1 -c 1
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH -J BWAjob
#SBATCH -A projxxxx
module purge
module load BWA/0.7.17-intel-2019b
bwa index ref.faตัวอย่างด้านบนจะเรียกใช้งานทรัพยากรจำนวน 1 node (-N 1) ใช้ 1 cores (-c 1) รวมใช้ 1 cores เนื่องจากเพิ่มจำนวน cores ที่ใช้จะไม่ทำให้ทำ indexing ได้เร็วขึ้นจึงกำหนดไว้ที่ 1 core
ทั้งนี้การใช้ compute node จะได้ RAM 4 GB ต่อการใช้งาน 1 CPU core หากมีความต้องการใช้งาน RAM ที่มากขึ้นสามารถเพิ่มจำนวน core หรือเปลี่ยนไปใช้งาน memory partition ได้
1.2 การทำงานบน memory node
#!/bin/bash
#SBATCH -p memory
#SBATCH -N 1 -c 1
#SBATCH --mem=8GB
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH -J BWAjob
#SBATCH -A projxxxx
module purge
module load BWA/0.7.17-intel-2019b
bwa index ref.faตัวอย่างด้านบนจะเรียกใช้งานทรัพยากรจำนวน 1 node (-N 1) ใช้ 1 cores (-c 1) และ RAM 8 GB (--mem=8GB)
2. การทำ mapping
#!/bin/bash
#SBATCH -p memory
#SBATCH -N 1 -c 48
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH -J BWAjob
#SBATCH -A projxxxx
module purge
module load BWA/0.7.17-intel-2019b
bwa mem -t $SLURM_CPUS_PER_TASK ref.fa reads.fq > aln-se.samตัวอย่างด้านบนจะเรียกใช้งานทรัพยากรจำนวน 1 node (-N 1) ใช้ 48 cores (-c 48) และในส่วนของ bwa mem กำหนดจำนวน threads ให้เท่ากับจำนวน cores ที่เรียกใช้ (-t $SLURM_CPUS_PER_TASK)