QuantumESPRESSO [TH]
- Chompoonut Rugnim
- Viwan Jarerattanachat
QuantumESPRESSO เป็น Open Source Software ทางด้าน Computational Chemistry สามารถศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมได้ที่ https://www.quantum-espresso.org/
ขั้นตอนการใช้งาน QuantumESPRESSO version 6.5
1. เตรียม input
1.1 QuantumESPRESSO input file
สามารถศึกษาตัวอย่าง QUANTUM ESPRESSO ได้ที่ https://www.quantum-espresso.org/resources/tutorials
1.2 ESPRESSO_PSEUDO files
pseudopotential files สามารถ download ได้จาก https://www.quantum-espresso.org/pseudopotentials
2. การเตรียม Job submission script
2.1 การใช้งานบน compute node
สำหรับการรันงานบน compute node โดยใช้ 40 CPU-cores และ job time limit 120:00:00 ชั่งโมง สำหรับ input file ชื่อ test.in ภายใต้ project account train001 (จำเป็นต้องเปลี่ยนเป็น project account ที่ท่านเป็นสมาชิกในโครงการฯ)
ตัวอย่าง job submission script <QE-test.sh>
#!/bin/bash
#SBATCH -p compute # define the job name
#SBATCH --nodes=1 # define number of node
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # define number of tasks per node
#SBATCH --cpus-per-task=40 # define number of cpur per task
#SBATCH -t 120:00:00 # define reserve time
#SBATCH -J my_job # define the job name
#SBATCH -A train001 # define your project account
module purge
module load intel/2019b
module load QuantumESPRESSO/6.5-intel-2019b
export ESPRESSO_TMPDIR=$SLURM_TMPDIR
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
export ESPRESSO_PSEUDO=$SLURM_SUBMIT_DIR
FILENAME=test
ulimit -s unlimited
cd $SLURM_SUBMIT_DIR
srun pw.x -inp $FILENAME.in > $FILENAME.out
2.2 การใช้งานบน memory node
สำหรับการรันงานบน memory node ให้เปลี่ยน #SBATCH -p เป็น memory และสามารถระบุจำนวน CPU-core ได้สูงสุด 192 CPU-cores หากต้องการใช้จำนวน CPU ที่น้อยลง แนะนำให้ระบุจำนวน CPU เป็น 24, 48 หรือ 96 เป็นต้น
#!/bin/bash -l
#SBATCH -p memory #specific partition
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=192 #specific number of nodes and task per node
#SBATCH -t 120:00:00 #job time limit <hr:min:sec>
#SBATCH -J test #job name
#SBATCH -A train001 #project account
3. Job submission
ทำการส่งรันงานในระบบ โดยใช้คำสั่ง sbatch และตามด้วยไฟล์ job submission script
sbatch QE-test.sh